Молекулярно-эпидемиологический анализ генетических вариантов ВИЧ-1, циркулировавших в странах Восточной Европы и Центральной Азии в 2010–2019 гг.


DOI: https://dx.doi.org/10.18565/epidem.2022.12.3.31-40

Лаповок И.А., Кириченко А.А., Шлыкова А.В., Салеева Д.В., Лопатухин А.Э., Киреев Д.Е., Ладная Н.Н., Мусабаев Э.И., Казакова Е.И., Ибадуллаева Н.С., Ибрагимова С.С., Сафарова А.М., Кадирова А., Нурляминова З., Исматова Л., Зухурова М., Холназаров Р., Бекболотов А.А., Нарматова Э.Б., Исканова Б.М., Григорян Т.Р., Петросян А.Р., Саргатян Т.А., Гасич Е.Л., Бунас А.С., Глинская И.Н., Покровский В.В.

1) Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; 2) Научно-исследовательский институт вирусологии, Ташкент, Узбекистан; 3) Республиканский Центр по борьбе со СПИДом, Баку, Азербайджан; 4) Научно-исследовательский институт легочных заболеваний, Баку, Азербайджан; 5) Республиканский центр по профилактике и борьбе со СПИД, Душанбе, Таджикистан; 6) Республиканский центр «СПИД» Министерства здравоохранения Киргизской Республики, Бишкек, Киргизия; 7) Ошский областной Центр СПИД Министерства здравоохранения Киргизской Республики, Ош, Киргизия; 8) Республиканский центр по профилактике СПИДа Министерства здравоохранения Республики Армения, Ереван, Армения; 9) Республиканский научно-практический центр эпидемиологии и микробиологии, Минск, Беларусь; 10) Республиканский центр гигиены, эпидемиологии и общественного здоровья, Минск, Беларусь
Цель исследования. Характеристика генетических вариантов ВИЧ-1, циркулировавших на территории стран ВЕЦА в период 2010–2019 гг.
Материалы и методы. Были получены нуклеотидные последовательности фрагмента гена pol (2253–3344 н.п.) ВИЧ-1 образцов плазмы крови от ВИЧ-инфицированных пациентов из России (RU), Армении (AM), Азербайджана (AZ), Белоруссии (BY), Кыргызстана (KG), Таджикистана (TJ) и Узбекистана (UZ). Коллекция была дополнена нуклеотидными последовательностями из международной базы данных.
Результаты. В общей сложности был проведен анализ 1825 нуклеотидных последовательностей из исследуемых стран. Инфекция в результате незащищенного гетеросексуального контакта была доминирующим путем инфицирования (около 50%). Было отмечено снижение доли потребителей инъекционных наркотиков в период 2010–2019 гг. Доминирующими генетическими вариантами ВИЧ-1 были субсубтип A6 (64,82%), CRF63_02A1 (22,58%) и субтип B (7,40%). Причем доля CRF63_02A1 в странах Центральной Азии была значительно выше, чем в других странах ВЕЦА. Выявлено 48 уникальных рекомбинантных форм, 38 из которых были AG-рекомбинантами. Было сформировано 140 молекулярных кластеров, содержащих 369 (20,22%) последовательностей.
Заключение. Необходимы дальнейшие исследования генетического разнообразия ВИЧ-1 в регионе ВЕЦА и надзор за генерацией и распространением новых рекомбинантных форм ВИЧ-1.
Ключевые слова: рекомбинант, генетический вариант, ВИЧ-1, кластерный анализ
Полный текст статьи доступен
в "Библиотеке Врача"

Литература



  1. UNAIDS DATA 2019. https://www.unaids.org/sites/default/files/ media_asset/2019-UNAIDS-data_en.pdf

  2. Los Alamos HIV database. https://www.hiv.lanl.gov/content/index

  3. Bbosa N., Kaleebu P., Ssemwanga D. HIV subtype diversity worldwide. Curr Opin HIV AIDS 2019; 14(3): 153–60. DOI: 10.1097/COH.0000000000000534

  4. Foley B.T., Leitner T., Paraskevis D., Peeters M. Primate immunodeficiency virus classification and nomenclature: Review. Infect. Genet. Evol. 2016; 46: 150–8. DOI: 10.1016/j.meegid.2016.10.018.

  5. Díez-Fuertes F., Cabello M., Thomson M.M. Bayesian phylogeographic analyses clarify the origin of the HIV-1 subtype A variant circulating in former Soviet Union’s countries. Infect. Genet. Evol. 2015; 33:

  6. Thomson M.M., Najera R. Increasing HIV-1 genetic diversity in Europe. J. Infect. Dis. 2007; 196(8): 1120–4. DOI: 10.1086/521683

  7. Kostaki E.-G., Karamitros T., Bobkova M., Oikono­mopoulou M., Magiorkinis G., Garcia F. et al. Spatiotemporal Characteristics of the HIV-1 CRF02_AG/CRF63_02A1 Epidemic in Russia and Central Asia. AIDS Res. Hum. Retroviruses 2018; 34(5): 415–20. DOI: 10.1089/AID.2017.0233

  8. Saad M.D., Shcherbinskaya A.M., Nadai Y., Kruglov Y.V., Antonenko S.V., Lyullchuk M.G. et al. Molecular epidemiology of HIV Type 1 in Ukraine: birthplace of an epidemic. AIDS Res. Hum. Retroviruses 2006; 22(8): 709–14. DOI: 10.1089/aid.2006.22.709

  9. Baryshev P., Bogachev V., Gashnikova N. HIV-1 genetic diversity in Russia: CRF63_02A1, a new HIV type 1 genetic variant spreading in Siberia. AIDS Res. Hum. Retroviruses 2014; 30(6): 592–7. DOI: 10.1089/AID.2013.019

  10. Лаповок И.А., Лопатухин А.Э., Киреев Д.Е., Казеннова Е.В., Лебедев А.В., Бобкова М.Р. и др. Молекулярно-эпидемиологический анализ вариантов ВИЧ-1, циркулировавших в России в 1987–2015 гг. Тер. архив 2017; 89(11): 44–9. DOI: 10.17116/terarkh2017891144-49

  11. Kazennova E., Laga V., Gromov K., Lebedeva N., Zhukova E., Pronin A. et al. Genetic Variants of HIV Type 1 in Men Who Have Sex with Men in Russia. AIDS Res. Hum. Retroviruses 2017; 33(10): 1061–4. DOI: 10.1089/AID.2017.0078

  12. Bobkova M. Current status of HIV-1 diversity and drug resistance monitoring in the former USSR. AIDS Rev. 2013; 15(4): 204–12. PMID: 24192601

  13. Kazennova E., Laga V., Lapovok I., Glushchenko N., Neshumaev D., Vasilyev A., Bobkova M. HIV-1 genetic variants in the Russian Far East. AIDS Res. Hum. Retroviruses 2014; 30(8): 742–52. DOI: 10.1089/AID.2013.0194.

  14. Lebedev A., Pasechnik O., Ozhmegova E., Antonova A., Blokh A., Grezina L. et al. Prevalence and spatiotemporal dynamics of HIV-1 Circulating Recombinant Form 03_AB (CRF03_AB) in the Former Soviet Union countries. PLoS ONE 2020; 15(10): e0241269. DOI: 10.1371/journal.pone.0241269

  15. Murzakova A., Kireev D., Baryshev P., Lopatukhin A., Serova E., Shemshura A. et al. Molecular Epidemiology of HIV-1 Subtype G in the Russian Federation. Viruses 2019; 11(4): 348. DOI: 10.3390/v11040348.

  16. Саухат С.Р., Покровский В.В., Воронцов Д.В., Орлов Н.В., Рабинович В.Д., Тормозова Н.М. и др. Влияние случаев ВИЧ-инфекции, связанных с нозокомиальными очагами, на дальнейшее развитие эпидемического процесса. Эпидемиология и инфекционные болезни 2004; (4): 16–20.

  17. Lebedev A., Lebedeva N., Moskaleychik F., Pronin A., Kazennova E., Bobkova M. Human Immunodeficiency Virus-1 Diversity in the Moscow Region, Russia: Phylodynamics of the Most Common Subtypes. Front. Microbiol. 2019; 10: 320. DOI: 10.3389/fmicb.2019.00320

  18. Laga V., Vasilyev A., Lapovok I., Grigoryan S., Papoyan A., Glushchenko N. et al. HIV Type 1 Subtype A1 Dominates in Armenia. Current HIV Research. 2015; 13(3): 219–25. DOI: 10.2174/1570162x 13666150407142834

  19. Осадчая О.А., Ерошкин П.В., Кириченко А.А., Лаповок И.А., Салеева Д.В., Лопатухин А.Э. и др. Изучение передачи лекарственной устойчивости ВИЧ-1 в Республике Армения с помощью биоинформатических методов. Эпидемиол. инфекц. болезни. Актуал. вопр. 2021; 11(3): 53–60. DOI: 10.18565/epidem.2021.11.3.53–60

  20. Saad M.D., Aliev Q., Botros B.A.M., Carr J.K., Gomatos P.J., Nadai Y. et al. Genetic Forms of HIV Type 1 in the Former Soviet Union Dominate the Epidemic in Azerbaijan. AIDS Res. Hum. Retroviruses 2006; 22(8): 796–800. DOI: 10.1089/aid.2006.22.79

  21. Botros B.A., Aliyev Q.M., Saad M.D., Michael A.A., Sanchez J.L., Carr J.K., Earhart K.C. HIV infection and associated risk factors among long-distance truck drivers travelling through Azerbaijan. Int. J. STD. AIDS 2009; 20(7): 477–82. DOI: 10.1258/ijsa.2008.008396

  22. Lazouskaya N.V., Eremin V.F., Adema K.W., Gasich E.L., Baan E., Lukashov V.V. The HIV Type 1 Epidemic in Belarus: Predominance of Eastern European Subtype A Strains and Circulation of Subtype B Viruses AIDS Res. Hum. Retroviruses 2005; 21(9): 830–3. DOI: 10.1089/aid.2005.21.83

  23. Sivay M.V., Totmenin A.V., Zyryanova D.P., Osipova I.P., Nalimova T.M., Gashnikova M.P. et al. Characterization of HIV-1 Epidemic in Kyrgyzstan. Front. Microbiol. 2021; 12: 753675. DOI: 10.3389/fmicb.2021.753675

  24. Kirichenko A., Kireev D., Lopatukhin A., Murzakova A., Lapovok I., Saleeva D. et al. Prevalence of HIV-1 drug resistance in Eastern European and Central Asian countries. PLoS ONE 2022; 17(1): e0257731. DOI: 10.1371/journal.pone.0257731

  25. Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0. Mol. Biol. Evol. 2013; 30(12): 2725–9. DOI: 10.1093/molbev/mst197

  26. jpHMM (jumping profile Hidden Markov Model). http://jphmm.gobics.de/

  27. Герасимов А.Н. Медицинская статистика: учебное пособие для студентов медицинских вузов. М.: МИА, 2007. 475 с.

  28. Detecting and Responding to HIV Transmission Clusters. A Guide for Health Departments. June 2018. Draft Version 2.0. https://www.cdc.gov/hiv/pdf/funding/announcements/ps18-1802/cdc-hiv-ps18-1802-attachmente-detecting-investigating-and-responding-to-hiv-transmission-clusters.pdf

  29. Aibekova L., Foley B., Hortelano G., Raees M., Abdraimov S., Toichuev R., et al. Molecular epidemiology of HIV-1 subtype A in former Soviet Union countries. PloS ONE 2018; 13(2): e0191891. DOI: 10.1371/journal.pone.0191891



Об авторах / Для корреспонденции

Лаповок Илья Андреевич – к.б.н., старший научный сотрудник,  Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; i_lapovok@mail.ru; http://orcid.org/0000-0002-6328-1415
Кириченко Алина Алексеевна – научный сотрудник, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; kotova-kirichenko@mail.ru; http://orcid.org/0000-0002-7116-0138
Шлыкова Анастасия Вениаминовна – научный сотрудник, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; murzakova_a.v@mail.ru; http://orcid.org/0000-0002-1390-8021
Салеева Дарья Владиславовна – научный сотрудник, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора; научный сотрудник ГНЦ ФМБЦ им. А.И. Бурназяна ФМБА России, Москва, Россия; dasha_saleeva@inbox.ru; http://orcid.org/0000-0002-5870-5594
Лопатухин Алексей Эдуардович – научный сотрудник, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; a.lopatukhin@gmail.com; http://orcid.org/0000-0002-2826-699X
Киреев Дмитрий Евгеньевич – к.б.н., заведующий лабораторией, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; dmitkireev@yandex.ru; http://orcid.org/0000-0002-7896-2379
Ладная Наталья Николаевна – к.б.н., старший научный сотрудник, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; n.ladnaya@hiv-russia.ru; http://orcid.org/ 0000-0003-2994-151X
Мусабаев Эркин Исакович – д.м.н., профессор, директор, Научно-исследовательский институт вирусологии, Ташкент, Узбекистан; rivuzb@gmail.com; http://orcid.org/0000-0001-5124-4353
Казакова Евгения Ивановна – к.м.н., младший научный сотрудник, Научно-исследовательский институт вирусологии, Ташкент, Узбекистан; rivuzb@gmail.com; http://orcid.org/0000-0003-1265-7299
Ибадуллаева Наргиз Сапиевна – к.м.н., старший научный сотрудник, ученый секретарь, Научно-исследовательский институт вирусологии, Ташкент, Узбекистан; rivuzb@gmail.com; http://orcid.org/0000-0001-8334-2548
Ибрагимова Сабина Саик – врач-лаборант, Республиканский Центр по борьбе со СПИДом, Баку, Азербайджан; cascabell@mail.ru
Сафарова Айгюн Махир – врач-лаборант, Республиканский Центр по борьбе со СПИДом, Баку, Азербайджан; aygun.seferova88@gmail.com
Кадирова Агигат – директор, Научно-исследовательский институт легочных заболеваний, Баку, Азербайджан; office@aids.az
Нурляминова Зухра – заместитель директора, Республиканский центр по профилактике и борьбе со СПИД, Душанбе, Таджикистан; zuha_69@bk.ru
Исматова Лайло – заведующая референс-лабораторией, Республиканский центр по профилактике и борьбе со СПИД, Душанбе, Таджикистан; l-ismatova@mail.ru
Зухурова Мохира – врач-лаборант, Республиканский центр по профилактике и борьбе со СПИД, Душанбе, Таджикистан; mz-87-87@mail.ru
Холназаров Рамшед – врач-инфекционист, Республиканский центр по профилактике и борьбе со СПИД, Душанбе, Таджикистан; rholnazarov@mail.ru
Бекболотов Айбек Абдылдаевич – заместитель директора, Республиканский центр «СПИД» Министерства здравоохранения Киргизской Республики, Бишкек, Киргизия; aibek_0001@mail.ru
Нарматова Эльмира Балтабаевна – главный врач, Ошский областной Центр СПИД Министерства здравоохранения Киргизской Республики, Ош, Киргизия: elmira.narmatova@yandex.ru
Исканова Баариниса Мусуратиллаевна – врач-лаборант, Республиканский центр «СПИД» Министерства здравоохранения Киргизской Республики, Бишкек, Киргизия;: i.barnisa@hotmail.com
Григорян Трдат Рафаелович – специалист по мониторингу и оценке, ГНО Республиканский Центр по Профилактике СПИДа Минздрава Республики Армения, Ереван, Армения; gtrdat@yahoo.com; http://orcid.org/0000-0002-7319-7444
Петросян Аршак Размикович – врач-лаборант лаборатории ПЦР, микробиологии, вирусологии и генетики, ГНО Республиканский Центр по Профилактике СПИДа Минздрава Республики Армения, Ереван, Армения; a_petrosyan@list.ru
Саргатян Татевик Амировна – врач-лаборант лаборатории ПЦР, микробиологии, вирусологии и генетики, ГНО Республиканский Центр по Профилактике СПИДа Минздрава Республики Армения, Ереван, Армения; sarhatyantatev@mail.ru
Гасич Елена Леонидовна – д.б.н., доцент, заведующая лабораторией, Республиканский научно-практический центр эпидемиологии и микробиологии, Минск, Беларусь; elena.gasich@gmail.com; http://orcid.org/0000-0002-3662-3045
Бунас Анастасия Сергеевна – младший научный сотрудник, Республиканский научно-практический центр эпидемиологии и микробиологии, Минск, Беларусь; rrpcem@belriem.by; http://orcid.org/0000-0001-8641-0104
Глинская Ирина Николаевна – врач-эпидемиолог, Республиканский центр гигиены, эпидемиологии и общественного здоровья, Минск, Беларусь; mail@rcheph.by; http://orcid.org/0000-0002-3941-9787
Покровский Вадим Валентинович, академик РАН, д.м.н., профессор, заведующий специализированным отделом по эпидемиологии и профилактике СПИДа, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия: pokrovsky.vad@yandex.ru; https//orcid.org/0000-0002-9514-7288; Scopus Author ID:7202457043


Похожие статьи

К содержанию номера

Бионика Медиа