Изучение передачи лекарственной устойчивости ВИЧ-1 в Республике Армения с помощью биоинформатичских методов


DOI: https://dx.doi.org/10.18565/epidem.2021.11.4.53-60

Осадчая О.А., Ерошкин П.В., Кириченко А.А., Лаповок И.А., Салеева Д.В., Лопатухин А.Э., Шлыкова А.В., Киреев Д.Е., Григорян Т.Р., Петросян А.Р., Сархатян Т.А., Покровский В.В.

1) Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; 2) ГНО «Республиканский центр по профилактике СПИДа», Ереван, Республика Армения
Цель исследования. Анализ уровня лекарственной устойчивости (ЛУ) и структуры мутаций резистентности во фрагментах гена pol ВИЧ-1 к антиретровирусным препаратам (АРВП) среди ВИЧ-инфицированных наивных пациентов в Республике Армения; изучение особенностей передачи вариантов ВИЧ-1 и степень их генетического родства с вирусами, циркулирующими в РФ.
Материалы и методы. Выполнен анализ 546 нуклеотидных последовательностей фрагмента гена pol, выделенных от ВИЧ-инфицированных пациентов без опыта приема АРТ из Республики Армения. Нуклеотидные последовательности анализировали на наличие мутаций резистентности и уровень ЛУ к АРВП с помощью базы данных Стэнфордского университета и инструмента CPR. Оценивали мутации из листа SDRM 2009 г. в соответствии со стандартными протоколами ВОЗ. Субтипы ВИЧ были определены с помощью базы Стэнфордского университета и подтверждены филогенетическим анализом.
Результаты. Уровень распространения мутаций, ассоциированных с прогностической ЛУ, составил 16,3%. Уровень передаваемой ЛУ составил 5,5%, что ВОЗ классифицирует как умеренный. Наиболее высокая ЛУ была обнаружена к 2 препаратам класса ННИОТ (NVP, EFV) и 2 препаратам класса НИОТ (FTC, 3TC). Анализ генетических вариантов ВИЧ-1 в Республике Армения и РФ показал высокую генетическую схожесть эпидемий, протекающих в этих странах.
Заключение. Выявлен рост ЛУ к АРВП с 1,5 до 5,5%. Установлен высокий (3,8%) уровень устойчивости к EFV, который назначали как препарат первой линии терапии. Важно проводить эпидемиологический надзор за распространением ЛУ в регионе в связи с увеличением охвата пациентов АРТ.
Ключевые слова: мутации лекарственной устойчивости, Армения, ВИЧ-1, лекарственная устойчивость, антиретровирусная терапия
Полный текст статьи доступен
в "Библиотеке Врача"

Литература

1. ЮНЭЙДС. Информационный бюллетень 2021 г. https://www. unaids.org/sites/default/files/media_asset/UNAIDS_FactSheet_ru.pdf


[UNAIDS. Newsletter 2021]. (In Russ.). https://www.unaids.org/ sites/default/files/ media_asset/UNAIDS_FactSheet_ru.pdf


2. Aibekova L., Foley B., Hortelano G. et al. Molecular epidemiology of HIV-1 subtype A in former Soviet Union countries. PLoS One 2018; 13(2): e0191891. doi:10.1371/journal.pone. 0191891


3. ЮНЭЙДС. Армения, информационный бюллетень по стране. https://www.unaids.org/en/regionscountries/countries/armenia


[UNAIDS. Armenia, country newsletter]. (In Russ.). doi:10.1371/journal. pone. 0191891


4. ВИЧ-инфекция 2019. Информационный бюллетень № 45. М.: Федеральный научно-методический центр по профилактике и борьбе со СПИДом, 2020. http://www.hivrussia.info/wp-content/uploads/2020/12/Byulleten-45-VICH-infektsiya-2019-g..pdf


[HIV infection 2019. Newsletter №. 45]. Moscow, 2020. (In Russ.). http://www.hivrussia.info/wp-content/uploads/2020/12/Byulleten-45-VICH-infektsiya-2019-g..pdf


5. Levi J., Raymond A., Pozniak A., Vernazza H., Kohler P., Hill A. Can the UNAIDS 90-90-90 target be achieved? A systematic analysis of national HIV treatment cascades. BMJ Global Health. 2016; 1(2): e000010. doi:10.1136/bmjgh-2015-000010


6. Мониторинг закупок препаратов для лечения ВИЧ-инфекции и ВГС; выработка решений по оптимизации ситуации с целью способствования бесперебойному доступу к препаратам в Республике Армения, 2018–2019. Отчет международной коалиции по готовности к лечению. https://itpcru.org/2019/11/12/rezultaty-monitoringa-zakupok-preparatov-dlya-lecheniya-vich-infekczii-i-gepatita-s-v-armenii-v-2018-godu/


[Monitoring of procurement of drugs for the treatment of HIV infection and HCV; development of solutions to optimize the situation in order to promote uninterrupted access to drugs in the Republic of Armenia, 2018–2019. Report of the International Coalition on Treatment Readiness]. (In Russ.). https://itpcru.org/2019/11/12/rezultaty-monitoringa-zakupok-preparatov-dlya-lecheniya-vich-infekczii-i-gepatita-s-v-armenii-v-2018-godu/


7. Laga V., Vasilyev A., Lapovok I., Grigoryan S., Papoyan A., Glushchenko N. et al. HIV Type 1 Subtype A1 Dominates in Armenia. Curr. HIV Res. 2015; 13(3): 219–25. PMID: 25845390


8. WHO/HIVResNet HIV Drug resistance laboratory operational framework. Geneva: World Health Organizations, 2017. https://www.who.int/publications/i/item/978-92-4-000987-5


9. Bennett D.E., Camacho R.J., Otelea D., Otelea D., Kuritzkes D. R., Fleury H. et. al. Drug Resistance Mutations for Surveillance of Transmitted HIV-1 Drug-resistance: 2009 Updata. PLos ONE 2009; 4(3): 1–8.


10. Foley B.T, Leitner T., Paraskevis D., Petter M. Primate immunodeficiency virus classification and nomenclature. Review. Infect. Genet. Evol. 2016; 46: 150–58.


11. Taylor B.S., Sobieszczyk M.E., McCutchan F.E., Hammer S.M. The challenge of HIV-1 subtype diversity. N. Engl. J. Med. 2008; 358(15): 1590–1602.


12. Кириченко А.А., Киреев Д.Е., Лопатухин А.Э., Лаповок И.А., Ладная Н.Н., Покровский В.В. Уровень и структура лекарственной устойчивости ВИЧ-1 среди пациентов без опыта приема антиретровирусных препаратов с момента начала применения антиретровирусной терапии в Российской Федерации. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии 2019; 11(2): 75–83. http://dx.doi.org/10.22328/2077-9828-2019-11-2-75-83


Kirichenko A.A., Kireev D.E., Lopatukhin A.E., Murzakova A.V., Lapovok I.A., Ladnaya N.N., Pokrovsky V.V.


13. Lapovok I., Murzakova A., Lopatukhin A. Prevalence of HIV-1 drug resistance mutations among ART-naïve patients in Russia from 2005 to 2015. Proceedings of 14 European Meeting on HIV & Hepatitis. Rev. Antivir. Ther. Infect. Dis. 2016; (4): 83–4.


14. Guidelines on the public health response to pretreatment HIV drug resistance. Geneva: World Health Organizations, July 2017. https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/255880/9789241550055-eng.pdf;jsessionid=A0D04673B7BD675E51A4774A72435012?sequence=1


15. Bennett D.E., Myatt M., Bertagolio S., Suthertand D., Gilks C.P. Recommendations for surveillance of transmitted HIV drug resistance countries scaling up antiretroviral treatment. Antivir. Ther. 2008; 13(Suppl. 2): 25–36.


Об авторах / Для корреспонденции

Осадчая Ольга Алексеевна – младший научный сотрудник, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; osadchaya96@yandex.ru; http://orcid.org/0000-0003-1543-5579
Ерошкин Павел Васильевич – Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; eroshkinpvl@gmail.com; http://orcid.org/0000-0001-5386-1574
Кириченко Алина Алексеевна – научный сотрудник, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; kotova-kirichenko@mail.ru; http://orcid.org/0000-0002-7116-0138
Лаповок Илья Андреевич – к.б.н., старший научный сотрудник,  Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; i_lapovok@mail.ru; http://orcid.org/0000-0002-632801415
Салеева Дарья Владиславовна – младший научный сотрудник, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; dasha_saleeva@inbox.ru; http://orcid.org/0000-0002-5870-5594
Лопатухин Алексей Эдуардович – научный сотрудник, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; a.lopatukhin@gmail.com; http://orcid.org/0000-0002-2826-699X
Шлыкова Анастасия Вениаминовна – научный сотрудник, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; murzakova_a.v@mail.ru; http://orcid.org/0000-0002-1390-8021
Киреев Дмитрий Евгеньевич – к.б.н., заведующий лабораторией, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; dmitkireev@yandex.ru; http://orcid.org/0000-0002-7896-2379
Григорян Трдат Рафаелович – специалист по мониторингу и оценке, ГНО «Республиканский центр по профилактике СПИДа», Ереван, Армения; gtrdat@yahoo.com; http://orcid.org/0000-0002-7319-7444
Петросян Аршак Размикович – врач-лаборант лаборатории ПЦР, микробиологии, вирусологии и генетики, ГНО «Республиканский центр по профилактике СПИДа», Ереван, Армения; a_petrosyan@list.ru
Саргатян Татевик Амировна – врач-лаборант лаборатории ПЦР, микробиологии, вирусологии и генетики, ГНО «Республиканский центр по профилактике СПИДа», Ереван, Армения; sarhatyantatev@ mail.ru
Покровский Вадим Валентинович – академик РАН, д.м.н., профессор, заведующий специализированным отделом эпидемиологии и профилактики СПИД, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора; pokrovsky.vad @yandex.ru; https://orcid.org/0000-0002-9514-7288; Scopus Author ID: 7202457043


Похожие статьи

К содержанию номера

Бионика Медиа