Рукописи должны рецензироваться с должным уважением к конфиденциальности авторов. Представляя свои рукописи на рецензию, авторы доверяют редакторам результаты своей научной и творческой работы, от которых могут зависеть их репутация и карьера. Права авторов могут быть нарушены при разглашении конфиденциальной информации во время рецензирования их рукописи. Кроме того, редактор должен с уважением относиться к праву рецензентов на конфиденциальность. Она может быть нарушена лишь в целях противодействия мошенничеству и обману.
Редакторы не должны никому, за исключением авторов и рецензентов, разглашать информацию о рукописях (включая их получение, содержание, статус в процессе рецензирования, критику рецензентов и окончательную судьбу). Это включает запросы на использование материалов для решения правовых вопросов.
Редакторы должны уведомлять своих рецензентов, что отправляемые на рецензию рукописи являются конфиденциальной информацией и частной собственностью авторов. Таким образом, рецензенты и сотрудники редакции должны уважать права авторов и не обсуждать публично работу авторов до момента опубликования рукописи. Рецензентам запрещается копировать рукописи и передавать их третьим лицам, за исключением случаев, когда это разрешено редактором. Комментарии рецензента не должны публиковаться или предаваться огласке иным способом без согласия самого рецензента, автора и редактора.
Рецензенты являются анонимными для авторов. Если авторы получают рецензию без подписи выполнившего её эксперта, личность рецензента не должна раскрываться автору или иным лицам без согласия самого рецензента.
Не следует публиковать комментарии рецензента вместе с рукописью без согласия авторов и рецензентов. В то же время, комментарии рецензента должны направляться другим лицам, рецензирующим ту же рукопись, что способствует их обучению в процессе рецензирования. Кроме того, рецензентов можно ставить в известность о решении редактора принять или отклонить рукопись.
Пациенты имеют право на защиту информации личного характера, которая не может быть раскрыта без информированного согласия. Персональная информация, включающая имена, инициалы или номера историй болезни, не должна публиковаться ни в письменном виде, ни в виде фотографий или родословных, если только она не является необходимой для научных целей, и пациент (родитель или опекун) не предоставил письменное информированное согласие на подобную публикацию. При получении информированного согласия опознаваемому пациенту необходимо показать рукопись, которая будет публиковаться. Авторы должны сообщить пациенту, будут ли персональные сведения доступны в Интернете или в печатных изданиях после публикации рукописи. С учётом соответствующих требований и законодательства, письменное согласие пациента должно храниться в редакции журнала или у авторов, либо у тех и других. Соответствующее законодательство различается в зависимости от регионов, и журналам следует осуществлять свою политику конфиденциальности с учётом этих различий. С целью более эффективной защиты конфиденциальности пациентов, письменное согласие пациентов может храниться у авторов. В этом случае авторы должны известить редакцию журнала в письменном виде о том, что они получили на хранение письменное информированное согласие пациентов.
Несущественные персональные сведения следует опускать. Информированное согласие необходимо получать в тех случаях, когда есть сомнения в отношении того, что анонимность пациентов будет сохранена. В частности, маскировка области глаз пациента на фотографии не является гарантией анонимности. Если авторы изменяют персональные данные в целях защиты анонимности, например, при описании генетических родословных, отсутствие искажения научных результатов должно быть обеспечено авторами и проверено редакторами.
Требование информированного согласия должно быть включено в Правила для авторов о подготовке рукописи. Получение информированного согласия должно быть указано в публикуемой статье.