Short-term prediction of the development of the epidemic of a new coronavirus infection in different phases of the epidemic process


DOI: https://dx.doi.org/10.18565/epidem.2023.13.4.7-13

Makhova V.V., Ploskireva A.A., Maletskaya O.V., Kovalchuk I.V., Kulichenko A.N.

1) Stavropol Research Anti-Plague Institute of Russian Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Well-Being, Stavropol, Russia; 2) Central Research Institute of Epidemiology of Russian Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Well-Being, Moscow, Russia; 3) Department of Russian Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Well-Being for the Stavropol Territory, Stavropol, Russia
Objective. Testing an original method for short-term prediction of the epidemiological situation for COVID-19 using the example of the Stavropol Territory.
Materials and methods. We used data from the Department of Russian Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Well-Being in the Stavropol Territory, the «Center for Hygiene and Epidemiology in the Stavropol Territory» on cases of COVID-19 from March 20, 2020 to August 1, 2022, as well as the results of molecular genetic monitoring of fragmentary and whole-genome sequencing of clinical material from patients COVID-19 in the Stavropol Territory, received at the Stavropol Anti-Plague Institute of Russian Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Well-Being. We used the original short-term prediction method proposed by A.A. Ploskireva.
Results. The results of a retrospective analysis of the epidemic situation regarding COVID-19 in the Stavropol Territory in four periods (21.09–04.10.2020; 08–21.04.2021; 28.09–11.10.2021 и 01–14.04.2022) justified the median prediction scenario, in one (10–23.02.2022) – optimistic prediction scenario (P > 0.05). However, during the period of change from the SARS-CoV-2 «India» strain Delta B.1.617.2 to Omicron B.1.1.529, against the background of an increase in the number of vaccinated people, none of the prediction scenarios came true – the incidence during this period was lower than the pessimistic scenario.
Conclusion. The predicting technique can be used not only to predict a pandemic of a new coronavirus infection, but also to control and assess the spread of diseases from the group of new infections at different stages of the epidemic process in the short term.

В последние десятилетия существенно возросла роль эпидемиологического прогнозирования, что связано, с одной стороны, с развитием информационных технологий, с другой – с ростом биологических угроз из-за появления новых вариантов возбудителей инфекций и их трудно контролируемым распространением в мире. Необходимость научно обоснованного предвидения возможных изменений обстановки особое значение приобрела в период пандемии COVID-19, когда остро потребовались обоснования оперативного планирования и качественного проведения противоэпидемических мероприятий, прежде всего, при решении задач, связанных с быстрым реагированием на меняющуюся эпидемическую ситуацию.

В условиях пандемии ключевой задачей стало недопущение критической перегрузки системы здравоохранения за счет экспоненциального и непредсказуемого роста госпитализации больных и, как следствие, масштабного увеличения запросов на использование ограниченных медицинских ресурсов [1–8]. Для их оптимального распределения и принятия своевременных управленческих решений необходима достоверная информация о развитии ситуации с непрерывным обновлением данных, исходя из объективно складывающейся обстановки в регионе1.

А.А. Плоскиревой [9] была предложена и апробирована на примере эпидемического процесса COVID-19 в Москве и в Московской области методика краткосрочного прогнозирования в период циркуляции исходного «уханьского» штамма SARS-CoV-2, когда завершался экспоненциальный рост заболеваемости с переходом ее в линейный рост.

Возможность достоверного применения данной методики в другие фазы эпидемического процесса COVID-19 нами проведена на примере Ставро­польского края, имеющего, кроме того, определенные особенности по сравнению с другими регионами Российской Федерации: отставание периодов подъема и спада заболеваемости на 2–3 нед. от среднероссийских показателей, менее выраженную заболеваемость и смертность, чем в других регионах России, а также местные эпидемические риски, связанные с активной взаимной миграцией населения края и соседних республик, население которых отличается стойкой приверженностью национально-культурным традициям, что влияло на динамику и интенсивность эпидемического процесса в регионе и позволило смоделировать несколько сценариев его развития.

Цель исследования – определение возможности использования оригинальной методики краткосрочного прогнозирования эпидемической ситуации в разные периоды эпидемического процесса COVID-19, предложенной А.А. Плоскиревой, на примере Ставропольского края, а также оценка достоверности результатов ее применения.

Материалы и методы

В ходе исследования применяли методы эпидемиологического анализа и математической статистики. Использовали данные Управления Роспотребнадзора и ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии» в Ставропольском крае о случаях заболевания COVID-19 с 20 марта 2020 по 1 августа 2022 г., а также результаты фрагментарного и полногеномного секвенирования РНК SARS-CoV-2 от больных COVID-19 в Ставропольском крае, полученные в ФКУЗ «Ставропольский противочумный институт» Роспотребнадзора.

Расчет числа инфицированных новой коронавирусной инфекцией для краткосрочного прогноза проводили, используя актуальные данные о числе выявленных случаев COVID-19 в Ставропольском крае в соответствии с оригинальной методикой [9]. Показатель прироста рассчитывали как отношение разницы кумулятивного числа больных на текущий и предыдущий день к общему числу больных на предыдущий день. Расчет темпов прироста осуществляли путем вычисления процента, на который ежедневно увеличивалось число больных по отношению к предыдущему дню. Для определения достоверности прогноза использовали U-критерий Манна–Уитни и определение процентного отклонения фактических ретроспективных данных и прогнозируемых данных, соответствующие конкретным периодам. Обработку полученных данных проводили с помощью программы Microsoft Excel 2016.

Методика прогнозирования основывается на анализе фаз развития эпидемии и предполагает 3 варианта интенсивности эпидемического процесса на последующие 14 дней: оптимистичный (продолжение тренда на снижение темпов прироста на 10%), медианный (сохранение существующих недельных темпов) и пессимистичный (повышение темпов прироста на 10%) сценарии.

Результаты

С целью определения возможности применения данной методики для эффективного краткосрочного прогноза эпидемической ситуации по COVID-19 мы произвольно выбрали 6 временных отрезков (по 7 дней) в периоды эпидемического процесса в Ставропольском крае, значительно отличающиеся между собой по характеру (рис. 1) и, таким образом, представляющие разные модели сценариев течения эпидемии: в период линейного роста заболеваемости COVID-19 на фоне циркуляции типичного «уханьского» штамма SARS-CoV-2 (14–20.09.2020); через 14 дней (длительность инкубационного периода заболевания) после первого в крае зарегистрированного случая инфицирования штаммом «Великобритания» Alfa B.1.1.7 (01–07.04.2021); в период фазы линейного роста заболеваемости на фоне доминирования высоковирулентного штамма SARS-CoV-2 «Индия» Delta B.1.617.2 (21–27.09.2021); при спаде заболеваемости, обусловленной доминирующим штаммом «Индия» Delta B.1.617.2 на фоне его смены на Oмикрон В.1.1.529 (14–20.12.2021); в период интенсивного роста числа новых случаев COVID-19, обусловленных Oмикрон В.1.1.529 (03–09.02.2022); при спаде заболеваемости на фоне циркуляции Oмикрон В.1.1.529 (25–31.03.2022). Прогноз заболеваемости строили на последующие за указанными временными отрезками 14 сут.

09-1.jpg (120 KB)

Первую модель прогноза сформировали, исходя из данных недельной заболеваемости в период с 14 по 20.09.2020 (табл. 1). Средний недельный темп прироста в этот период составлял 0,98% (± 0,009). Строили поочередно оптимистичный, медианный и пессимистичный сценарии прогноза.

10-1.jpg (157 KB)

Расчет оптимистичного сценария:

Осц.= Пр ср.– (Пр ср./ά),

где Осц. – оптимальный сценарий;

Прср.– средний недельный темп прироста за последнюю анализируемую неделю;

ά – оптимальный уровень статистической значимости = 0,1 (10% среднего недельного прироста).

Медианный сценарий подразумевает сохранение средних недельных темпов.

Расчет пессимистичного сценария:

Псц.= Пр ср.+ (Пр ср./ά),

где Псц. – оптимальный сценарий;

Прср. – средний недельный темп прироста за последнюю анализируемую неделю;

ά – оптимальный уровень статистической значимости = 0,1 (10% среднего недельного прироста).

Сравнение прогнозируемой заболеваемости в Ставропольском крае на последующие 14 дней (21.09–04.10.2020) с имеющимися ретроспективными данными этого периода показало полное совпадение с медианным сценарием прогноза, продолжение стабильной заболеваемости в прогнозируемом периоде (p > 0,05, различия в сравниваемых группах статистически не значимы; отклонение прогнозных данных от фактических не более 1%) (рис. 2, а).

11-1.jpg (204 KB)

В качестве исходных значений для прогноза 2-й модели сценария эпидемии был выбран период с 01 по 07.04.2021 (в период циркуляции штамма «Великобритания» Alfa B.1.1.7). В это время в крае было максимальное за пандемию число больных, нуждающихся в лечении в ОРИТ (4,5 %), в связи с чем этот семидневного отрезок был выбран для проведения тестирования прогнозной модели. Средненедельные значения темпа прироста в этот период составили 0,17% (± 0,06). Полученный двухнедельный прогноз соответствовал медианному сценарию и совпал с данными ретроспективного анализа эпидемической ситуации по COVID-19 в Ставропольском крае в период с 08 по 21.04.2021 (p > 0,05; отклонение прогнозных данных от фактических не более 1%) (рис. 2, б).

3-я модель построена с использованием данных заболеваемости в период линейного роста – с 21 по 27.09.2021. Средненедельный темп прироста – 0,4% (± 0,06). Полученные прогнозные значения заболеваемости COVID-19 в Ставропольском крае на последующие 14 дней (с 28.09 по 11.10.2021) соответствовали медианному сценарию. Сравнение прогнозируемой заболеваемости с имеющимися ретроспективными данными показало совпадение прогноза, продолжение стабильной заболеваемости в прогнозируемом периоде (p > 0,05, отклонение прогнозных данных от фактических не более 1 %) (рис. 2, в).

4-ю модель прогноза построили на основании данных в период спада заболеваемости COVID-19 и смены доминирующего штамма SARS-CoV-2 («Индия» Delta B.1.617.2 на Oмикрон В.1.1.529) – 14–20.12.2021. Средненедельный темп прироста в этот период составил 0,4% (± 0,1). Результаты ретроспективного анализа эпидемической ситуации отличались от прогнозируемой заболеваемости, не оправдался ни один из сценариев прогноза (р < 0,05, различия уровня признака в сравниваемых группах статистически значимы), реальный уровень заболеваемости оказался значительно ниже (рис. 2, г).

В период экспоненциального роста числа новых случаев COVID-19, обусловленных Oмикрон В.1.1.529 (03–09.02.2022), средненедельный темп прироста составил 1,0% (± 0,02). Двухнедельный (с 10 по 23.02.2022) прогноз заболеваемости COVID-19 в Ставропольском крае соответствовал оптимистическому сценарию. Сравнение прогнозируемой заболеваемости с имеющимися ретроспективными данными показало совпадение прогноза (p > 0,05, различия в сравниваемых группах статистически не значимы; отклонение прогнозных данных от фактических не более 1%) (рис. 2, д).

Для модели сценария течения эпидемии при спаде заболеваемости на фоне циркуляции Oмикрон В.1.1.529 были использованы данные числа заболевших новой коронавирусной инфекцией в Ставропольском крае в период с 25 по 31.03.2022. Средненедельный темп прироста составил 0,2% (± 0,05). В результате оправдался оптимистический сценарий двухнедельного прогноза заболеваемости COVID-19 в Ставропольском крае (01–14.04.2022). Сравнение прогнозируемой заболеваемости с имеющимися ретроспективными данными свидетельствовало о совпадении прогноза (p > 0,05, отклонение прогнозных данных от фактических не более 1%) (рис. 2, е).

Обсуждение

Краткосрочное прогнозирование эпидемической ситуации по COVID-19 в Ставропольском крае по методике, предложенной А.А. Плоскиревой, свидетельствовало об ее эффективности при различных сценариях эпидемического процесса. Высокая степень достоверности прогноза (p > 0,05, отклонение прогнозных данных от фактических не более 1%) показана в периоды линейного роста заболеваемости новой коронавирусной инфекцией, стабильной ситуации и снижения числа новых случаев заболевания COVID-19, а также на фоне преимущественной циркуляции трех штаммов вируса SARS-CoV-2 – типичного «уханьского», Delta B.1.617.2 и Oмикрон В.1.1.529, с частичной долей «Великобритания» Alfa B.1.1.7.

Период активного распространения «уханьского» варианта SARS-СoV-2 характеризовался линейным ростом эпидемического процесса в Ставропольском крае и отсутствием экспоненциальной фазы (прирост стабильно менее 10%). При распространении в популяции штамма SARS-CoV-2 «Великобритания» Alfa B.1.1.7 в крае в клинической структуре COVID-19 были зарегистрированы наибольшая в течение пандемии доля внебольничных пневмоний (38,1 ± 10,1%) и лиц пенсионного возраста в структуре заболеваемости (33,3 ± 6,9%), а также наибольшее число больных, нуждающихся в лечении в ОРИТ (4,5%). В то же время доля штамма «Великобритания» Alfa B.1.1.7 среди циркулирующих вариантов вируса составила лишь 10,7%. Период распространения высоковирулентного штамма SARS-CoV-2 «Индия» Delta B.1.617.2 характеризовался стремительным, в течение 2 нед. (с 19.05 по 2.06.2021), вытеснением циркулирующих ранее «уханьского» штамма и штамма «Великобритания» Alfa B.1.1.7. Наблюдался высокий рост заболеваемости. Интенсивный среднесуточный показатель заболеваемости в среднем составил 11,3 (от 1,2 до 19,1).

В период циркуляции высококонтагиозного штамма SARS-CoV-2 – Oмикрон B.1.1.529 средний суточный показатель заболеваемости оказался максимальным за всю пандемию – 13 случаев на 100 тыс. населения (0,1–70,0). Однако клинико-эпидемиологические данные свидетельствовали о преимущественно легкой клинической форме болезни (доля лиц с признаками ОРВИ – 92,6% ± 6,9) и о минимальном в течение пандемии числе госпитализированных больных и лиц, нуждающихся в лечении в ОРИТ, – 0,6 и 2,7% соответственно.

Однако в период спада заболеваемости, обусловленной циркуляцией вируса Delta B.1.617.2, на фоне смены доминирующего штамма на Omicron В.1.1.529 в Ставропольском крае и роста числа вакцинированных ни один из сценариев двухнедельного прогноза эпидемической ситуации не оправдался. При прогнозировании увеличения числа больных реальный уровень заболеваемости оказался значительно ниже. Это логично объясняется образовавшейся к этому времени значительной постинфекционной и поствакцинальной иммунной прослойкой населения к SARS-CoV-2, данные о которой при построении прогноза не были учтены.

Заключение

Эффективность возможности краткосрочного прогноза, построенного по предложенной А.А. Плос­киревой методике, подтверждена ретроспективными данными различных сценариев эпидемического процесса COVID-19 (на примере Ставропольского края). Достоверность полученных прогнозных моделей в разные фазы эпидемического процесса – логарифмического, экспоненциального и линейного роста, а также на этапе спада числа новых случаев COVID-19 подтверждена с помощью непараметрического критерия Манна–Уитни.

Данная модель прогнозирования числа инфицированных лиц может быть предложена для оценки распространения других респираторных инфекций, в том числе «новых».

Использование предложенной методики имеет важное значение для управления эпидемической ситуацией при различных вариантах ее развития.


Literature


1. Кутырев В.В., Попова А.Ю., Смоленский В.Ю., Ежлова Е.Б., Демина Ю.В., Сафронов В.А. и др. Эпидемиологические особенности новой коронавирусной инфекции (COVID-19). Сообщение 1. Модели реализации профилактических и противоэпидемических мероприятий. Проблемы особо опасных инфекций 2020; (1): 6–13. DOI: 10.21055/0370- 1069-2020-1-6-13


Kutyrev V.V., Popova A.Yu., Smolensky V.Yu., Ezhlova E.B., Demina Yu.V., Safronov V.A. et al. (Epidemiological features of the new coronavirus infection (COVID-19). Message 1. Models for the implementation of preventive and anti-epidemic measures). Problems of Particularly Dangerous Infections 2020; (1): 6–13. (In Russ.). DOI: 10.21055/0370-1069-2020-1-6-13


2. WHO Coronavirus (COVID-19) Dashboard. https://covid19.who.int/


3. Временные методические рекомендации «Профилактика, диагностика и лечение новой коронавирусной инфекции (COVID 19)». Версия 11. https://base.garant.ru/400738625/


(Interim guidelines on Prevention «Prevention, Diagnosis and Treatment of Novel Coronavirus Infection (COVID-19)». Version 11). (In Russ.). https:// base.garant.ru/400738625/


4. Huang C., Wang Y., Li X., Ren L., Zhao J., Hu Y. et al. Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. Lancet 2020; 395(10223): 497–506. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30183-5


5 Onder G., Rezza G., Brusaferro S. Case-fatality rate and characteristics of patients dying in relation to COVID-19 in Italy. JAMA 2020; 323(18): 1775–6. https://doi.org/10.1001/jama.2020.4683


6. Mehta P., McAuley D.F., Brown M., Sanchez E., Tattersall R., Manson J.J. et al. COVID-19: consider cytokine storm syndromes and immunosuppression. Lancet 2020; 395(10229): 1033–4. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30628-0


7. Hollander J.E., Carr B.G. Virtually perfect? Telemedicine for COVID-19. N. Engl. J. Med. 2020; 382(18): 1679–81. https://doi.org/10.1056/NEJMp 2003539.


8. Гаврилов Д.В., Абрамов Р.В., Кирилкина А.В., Ившин А.А., Новицкий Р.Э. Модель прогнозирования пандемии COVID-19 на основе машинного обучения в отдельных регионах Российской Федерации. Фармакоэкономика. Современная фармакоэкономика и фармакоэпидемиология 2021; 14(3): 342–56. https://doi.org/10. 17749/2070-4909/farmakoekonomika.2021.108


Gavrilov D.V., Abramov R.V., Kirilkina A.V., Ivshin A.A., Novitsky R.E. (A model for predicting the COVID-19 pandemic based on machine learning in certain regions of the Russian Federation). Pharmacoeconomics. Modern pharmacoeconomics and pharmacoepidemiology 2021; 14(3): 342–56. (In Russ.). https://doi.org/10.17749/2070-4909/farmakoekonomika. 2021.1081


9. Антонец Д.В., Плоскирева А.А., Поспелов М.В., Смоленский В.Ю. Комплексный анализ и прогноз развития эпидемиологической ситуации по COVID-19 в Российской Федерации (2020-08-31). DOI: 10.21055/preprints-3111803


Antonets D.V., Ploskireva A.A., Pospelov M.V., Smolensky V. Yu. (Comprehensive analysis and forecast of the development of the epidemiological situation on COVID-19 in the Russian Federation (2020-08-31)). (In Russ.). DOI: 10.21055/preprints-3111803.


About the Autors


Valentina V. Makhova, Junior Researcher, Laboratory of Epidemiology, Stavropol Anti-Plague Institute of Russian Federal Service forSupervision of Consumer Rights Protection and Human Well-Being, Stavropol, Russia; dr.makhova@yandex.ru; https://orcid.org/0000-0003-2988-3559
Professor Antonina A. Ploskireva, MD, Deputy Director for Clinical Work, Central Research Institute of Epidemiology of Russian Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Well-Being, Moscow, Russia; antoninna@mail.ru; https://orcid.org/0000-0002-3612-1889
Professor Olga V. Maletskaya, MD, Deputy Director for Scientific and Anti-epidemic Work, Stavropol Anti-Plague Institute of Russian Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Well-Being, Stavropol, Russia; maletskaya_ov@mail.ru; https://orcid.org/0000-0002-3003-4952
Irina V. Kovalchuk, Cand. Med. Sci. Deputy Head, Department of Russian Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Well-Being for the Stavropol Territory, Stavropol, Russia; kovalchuk_iv@26.rospotrebnadzor.ru
Professor Aleksandr N. Kulichenko, MD, Director, Stavropol Anti-Plague Institute, Russian Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Well-Being Stavropol, Russia; kulichenko_an@list.ru; https://orcid.org/0000-0002-9362-3949


Similar Articles


Бионика Медиа