English
Клональные группы уропатогенных Escherichia coli, выделенных в Российской Федерации в 2004–2019 гг.
DOI: https://dx.doi.org/10.18565/epidem.2024.14.1.55-61
Слукин П.В., Фурсова Н.К., Светоч Э.А., Перепанова Т.С., Ершова М.Г., Полетаева Е.Д., Круглов А.Н., Припутневич Т.В.
1) Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии Роспотребнадзора, п. Оболенск, Московская область, Россия; 2) НИИ урологии и интервенционной радиологии им. Н.А. Лопаткина – филиал НМИЦ радиологии Минздрава России, Москва, Россия; 3) Инфекционная клиническая больница № 1 Департамента здравоохранения Ярославской области, Ярославль, Россия; 4) Московский многопрофильный клинический центр «Коммунарка» Департамента здравоохранения города Москвы, Москва, Россия; 5) Национальный медицинский исследовательский центр акушерства, гинекологии и перинатологии им. академика В.И. Кулакова Минздрава России, Москва, Россия
Материалы и методы. Штаммы E. coli (n = 303), выделенные в 2004–2019 гг. из образцов мочи пациентов с урологическими диагнозами. В работе использованы микробиологические, молекулярно-генетические и биоинформатические методы оценки резистентности и вирулентности, а также молекулярно-генетические методы идентификации филогенетических групп, О-групп и сиквенс-типов.
Результаты. Показано широкое распространение в России уропатогенных штаммов клональной группы O25-B2-ST131, кроме того, выявлены клональные группы O2-B2-ST141, O89-A-ST744, O4/O6-B2-ST127, B1-ST58, D-ST69, O2/O6-B2-ST73, A-CC10 и O75-B2-CC14.
Заключение. Оценка распространения клональных групп уропатогенных штаммов в России позволяет оценивать эпидемическую ситуацию, прогнозировать ее развитие в будущем, а также определять оптимальные направления терапии.
Литература
1. Кузнецова М.В., Проворова С.В., Кубарев О.Г., Юдин Д.П., Каримова Н.В., Баяндина Н.В. и др. Сравнительная характеристика штаммов уропатогенной Escherichia coli, выделенных в условиях поликлиники и стационара. Урология 2018; (6): 37–44. DOI: 10.18565/urology.2018.6.37-44 Kuznetsova M.V., Provorova S.V., Kubarev O.G., Yudin D.S., Karimova N.V., Bajandina N.V. et al. 2. Javed S., Mirani Z.A., Pirzada Z.A. Phylogenetic group B2 expressed significant biofilm formation among drug resistant uropathogenic Escherichia coli. Libyan J. Med. 2021; 16(1): 1845444. DOI: 10.1080/19932820.2020.1845444 3. Zhong Z.X., Cui Z.H., Li X.J., Tang T., Zheng Z.J., Ni W.N. et al. Nitrofurantoin combined with amikacin: a promising alternative strategy for combating MDR uropathogenic Escherichia coli. Front Cell Infect. Microbiol. 2020; (10): 608547. DOI: 10.3389/fcimb.2020.608547 4. Magiorakos A.P., Srinivasan A., Carey R.B., Carmeli Y., Falagas M.E., Giske C.G. et al. Multidrug-resistant, extensively drug-resistant and pandrug-resistant bacteria: an international expert proposal for interim standard definitions for acquired resistance. Clin. Microbiol. Infect. 2012; 18(3): 268–81. DOI: 10.1111/j.1469-0691.2011.03570.x 5. Naziri Z., Derakhshandeh A., Soltani Borchaloee A., Poormaleknia M., Azimzadeh N. Treatment failure in urinary tract infections: a warning witness for virulent multi-drug resistant ESBL-producing Escherichia coli. Infect. Drug. Resist. 2020; 13: 1839–50. DOI: 10.2147/IDR.S256131 6. Manges A.R., Johnson J.R. Reservoirs of extraintestinal pathogenic Escherichia coli. Microbiol. Spectr. 2015; 3(5): 10.1128/microbiolspec.UTI-0006-2012. DOI: 10.1128/microbiolspec.UTI-0006-2012 7. Flament-Simon S.C., Toro M., García V., Blanco J.E., Blanco M., Alonso M.P. et al. Molecular characteristics of extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC), uropathogenic E. coli (UPEC), and multidrug resistant E. coli isolated from healthy dogs in Spain. Whole Genome Sequencing of Canine ST372 Isolates and Comparison with Human Isolates Causing Extraintestinal Infections. Microorganisms 2020; 8(11): 1712. DOI: 10.3390/microorganisms8111712 8. Nüesch-Inderbinen M.T., Baschera M., Zurfluh K., Hächler H., Nüesch H., Stephan R. Clonal diversity, virulence potential and antimicrobial resistance of Escherichia coli causing community acquired urinary tract infection in Switzerland. Front. Microbiol. 2017; (8): 2334. DOI: 10.3389/fmicb.2017.02334 9. Hojabri Z., Mirmohammadkhani M., Darabi N., Arab M., Pajand O. Characterization of antibiotic-susceptibility patterns and virulence genes of five major sequence types of Escherichia coli isolates cultured from extraintestinal specimens: a 1-year surveillance study from Iran. Infect. Drug. Resist. 2019; (12): 893–903. DOI: 10.2147/IDR.S199759 10. Shahbazi R., Salmanzadeh-Ahrabi S., Aslani M.M., Alebouyeh M., Falahi J., Nikbin V.S. The genotypic and phenotypic characteristics contributing to high virulence and antibiotics resistance in Escherichia coli O25-B2-ST131 in comparison to non-O25-B2-ST131. BMC Pediatr. 2023; 23(1): 59. DOI: 10.1186/s12887-023-03866-w 11. Kuzina E.S., Astashkin E.I., Lev A.I., Ageeva E.N., Kartsev N.N., Svetoch E.A. et al. Class 1 and 2 Integrons in Hospital Strains of Gram-Negative Bacteria Isolated in Moscow and in Regions of the Russian Federation. Molecular Genetics, Microbiology and Virology 2019; 34(1): 16–24. DOI: 10.3103/S0891416819010051 12. Казанцев А.В., Осина Н.А., Глинская Т.О., Кошелева О.Н., Максимов Ю.В., Девдариани З.Л. и др. Факторы вирулентности и филогенетическая характеристика уропатогенных штаммов Escherichia coli, выделенных на территории г. Саратова. Проблемы особо опасных инфекций; 2019: (4): 56–60. DOI: 10.21055/0370-1069-2019-4-56-60 Kazantsev A.V., Osina N.A., Glinskaya T.O., Kosheleva O.N., Maksimov Yu.V., Devdariani Z.L. et al. 13. Iguchi A., Iyoda S., Seto K., Morita-Ishihara T., Scheutz F., Ohnishi M. Pathogenic E. coli working group in Japan. Escherichia coli O-genotyping PCR: a comprehensive and practical platform for molecular O serogrouping. J. Clin. Microbiol. 2015; 53(8): 2427–32. DOI: 10.1128/JCM.00321-15 14. Clermont O., Christenson J.K., Denamur E., Gordon D.M. The Clermont Escherichia coli phylo-typing method revisited: improvement of specificity and detection of new phylo-groups. Environ Microbiol. Rep. 2013; 5(1): 58–65. DOI: 10.1111/1758-2229.12019 15. Alikhan N.F., Zhou Z., Sergeant M.J., Achtman M. A genomic overview of the population structure of Salmonella. PLoS Genet. 2018; 14(4): e1007261. DOI: 10.1371/journal.pgen.1007261 16. Ny S., Edquist P., Dumpis U., Gröndahl-Yli-Hannuksela K., Hermes J., Kling A.M. et al. Аntimicrobial resistance of Escherichia coli isolates from outpatient urinary tract infections in women in six European countries including Russia. J. Glob. Antimicrob. Resist. 2019; 17: 25–34. DOI: 10.1016/j.jgar.2018.11.004 17. Platell J.L., Trott D.J., Johnson J.R., Heisig P., Heisig A., Clabots C.R. et al. Prominence of an O75 clonal group (clonal complex 14) among non-ST131 fluoroquinolone-resistant Escherichia coli causing extraintestinal infections in humans and dogs in Australia. Antimicrob. Agents Chemother. 2012; 56(7): 3898–904. DOI: 10.1128/AAC.06120-11 18. Gati N.S., Middendorf-Bauchart B., Bletz S., Dobrindt U., Mellmann A. Origin and evolution of hybrid shiga toxin-producing and uropathogenic Escherichia coli strains of sequence type 141. J. Clin. Microbiol. 2019; 58(1): e01309–19. DOI: 10.1128/JCM.01309-19 19. Reid C.J., Blau K., Jechalke S., Smalla K., Djordjevic S.P. Whole genome sequencing of Escherichia coli from store-bought produce. Front Microbiol. 2020; 10: 3050. DOI: 10.3389/fmicb.2019.03050 20. Halaji M., Shahidi S., Ataei B., Atapour A., Feizi A., Havaei S.A. Molecular epidemiology of blaCTX-M gene-producing uropathogenic Escherichia coli among Iranian kidney transplant patients: clonal dissemination of CC131 and CC10. Ann. Clin. Microbiol. Antimicrob. 2021; 20(1): 65. DOI: 10.1186/s12941-021-00470-7 21. Riley L.W. Pandemic lineages of extraintestinal pathogenic Escherichia coli. Clin. Microbiol. Infect. 2014; 20(5): 380–90. DOI: 10.1111/1469-0691.12646 22. Kubelová M., Koláčková I., Gelbíčová T., Florianová M., Kalová A., Karpíšková R. Virulence properties of mcr-1-positive Escherichia coli isolated from retail poultry meat. Microorganisms 2021; 9(2): 308. DOI: 10.3390/microorganisms9020308
Об авторах / Для корреспонденции
Слукин Павел Владимирович – научный сотрудник отдела молекулярной микробиологии, Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии Роспотребнадзора, Оболенск, Россия; xopgi@yandex.ru; http://orcid.org/0000-0002-4976-0145
Фурсова Надежда Константиновна – к.б.н., ведущий научный сотрудник отдела молекулярной микробиологии, Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии Роспотребнадзора, Оболенск, Россия; n-fursova@yandex.ru; http://orcid.org/ 0000-0001-6053-2621
Светоч Эдуард Арсеньевич – д.в.н., профессор, главный научный сотрудник отдела молекулярной микробиологии, Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии Роспотребнадзора, Оболенск, Россия; svetoch@obolensk.org; http://orcid.org/0000-0002-3185-1954
Перепанова Тамара Сергеевна – д.м.н., профессор, руководитель группы инфекционно-воспалительных заболеваний и клинической фармакологии НИИ урологии и интервенционной радиологии им. Н.А. Лопаткина, Москва, Россия; perepanova2003@mail.ru; http://orcid.org/000-0002-2877-0029
Ершова Марина Григорьевна – заведующая микробиологической лабораторией, Инфекционная клиническая больница № 1 Департамента здравоохранения Ярославской области, Ярославль, Россия; mary.erschowa2013@yandex.ru; http://orcid.org/0000-0003-4691-648X
Полетаева Елена Дмитриевна – врач-бактериолог, Инфекционная клиническая больница № 1 Департамента здравоохранения Ярославской области, Инфекционная клиническая больница № 1, Ярославль, Россия; mary.erschowa2013@yandex.ru; http://orcid.org/0000-0002-7074-6989
Круглов Александр Николаевич – к.б.н., старший научный сотрудник, заведующий лабораторией клинической микробиологии, Московский многопрофильный клинический центр »Коммунарка» Департамента здравоохранения города Москвы, Москва, Россия; kruglov_a_n@mail.ru; http://orcid.org/0000-0001-6849-0008
Припутневич Татьяна Валерьевна – член-корр. РАН, д.м.н., профессор, директор, Институт микробиологии, антимикробной терапии и эпидемиологии, Национальный медицинский исследовательский центр акушерства, гинекологии и перинатологии им. академика В.И. Кулакова Минздрава России, Москва, Россия; t_priputnevich@oparina4.ru; http://orcid.org/0000-0002-4126-9730
Похожие статьи
