Генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1, циркулировавших в Гвинейской Республике в 2015–2017 гг.


DOI: https://dx.doi.org/10.18565/epidem.2019.2.44-51

Лаповок И.А., Салеева Д.В., Кириченко А.А., Мурзакова А.В., Лопатухин А.Э., Киреев Д.Е., Касьян Ж.А., Агафонов Д.А., Никифоров К.А., Плеханов Н.А., Баяндин Р.Б., Карташов М.Ю., Шиповалов А.В., Гашникова М.П., Шипулин Г.А., Boumbaly S., Boiro M.Y.

1) ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора, Москва, Россия; 2) ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора, Саратов, Россия; 3) ФБУН «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора, Кольцово, Новосибирская область, Россия; 4) Исследовательский институт прикладной биологии Гвинеи, г. Киндия, Гвинейская Республика
Несмотря на широкое распространение ВИЧ-инфекции в Африке, особенности эпидемии в ряде стран этого континента изучены недостаточно.
Цель исследования. Молекулярно-биологический анализ вариантов ВИЧ, циркулировавших на территории Гвинейской Республики в 2015–2017 гг.
Материалы и методы. Была собрана коллекция образцов плазмы крови (n = 5566) от граждан, проживающих в Гвинейкой Республике, и проанализирована на наличие ВИЧ-инфекции. Исследованы нуклеотидные последовательности (сиквенсы) гена pol ВИЧ-1 в ВИЧ-позитивных образцах, определены структура и уровень лекарственной устойчивости вируса.
Результаты. У 200 (3,59%) лиц была выявлена инфекция ВИЧ-1. Случаев инфекции ВИЧ-2 обнаружено не было. Получены сиквенсы для 35 образцов, из них 30 (85,71%) относились к AG-рекомбинантам, 6 (17,14%) содержали мутации устойчивости к НИОТ и ННИОТ.
Ключевые слова: Ключевые слов: ВИЧ, Гвинейская Республика, секвенирование, лекарственная устойчивость

Литература


  1. Delatorre E., Be G. Time-scale of minor HIV-1 complex circulating recombinant forms from Central and West Africa. BMC Evol. Biol. 2016; 16(1): 2490. DOI: 10.1186/s12862-016-0824-8
  2. Worobey M., Gemmel M., Teuwen D.E., Haselkorn T., Kunstman K., Bunce M. et al. Direct evidence of extensive diversity of HIV-1 in Kinshasa by 1960. Nature 2008; 455: 661–4. DOI: 10.1038/nature07390.
  3. Faria N.R., Rambaut A., Suchard M.A., Baele G., Bedford T., Ward M.J. et al. The early spread and epidemic ignition of HIV-1 in human populations. Science 2014; 56: 56–61. DOI: 10.1126/science.1256739.
  4. Mir D., Jung M., Delatorre E., Vidal N., Peeters M., Bello G. Phylodynamics of the major HIV-1 CRF02_AG African lineages and its global dissemination. Infect. Genet. Evol. 2016; 46: 190–9. DOI: 10.1016/j.meegid.2016.05.017.
  5. HIV Databases of Los Alamos National Laboratory. https://www. hiv.lanl.gov/content/index
  6. USAID HEALTH PROFILE: Guinea HIV/AIDS Report. 2005. https://web. archive.org/web/20081113214710/http://www.usaid.gov/our_work/global_health/aids/Countries/africa/guinea_05.pdf
  7. UNAIDS. Giunea country factsheets report 2017. http://www.unaids.org/en/ regionscountries/countries/guinea.
  8. Charpentier C., Bellecave P., Cisse M., Mamadou S., Diakite M., Peytavin G. et al. High prevalence of antiretroviral drug resistance among HIV-1-untreated patients in Guinea-Conakry and in Niger. Antivir. Ther. 2011; 16(3): 429–33. DOI: 10.3851/IMP1754.
  9. Freimanis G.L., Loua A., Allain J.P. HIV-1 subtypes D and F are prevalent in Guinea Conakry. J. Clin. Virol. 2012; 53(4): 350–3. DOI: 10.1016/j.jcv. 2011.12.026.
  10. Diouara A.A., Ndiaye H.D., Guindo I., Bangoura N., Cissé M., Edmond T. et al. Antiretroviral treatment outcome in HIV-1-infected patients routinely followed up in capital cities and remote areas of Senegal, Mali and Guinea-Conakry. J. Int. AIDS Soc. 2014; 17: 19315. DOI: 10.7448/IAS.17.1.19315.
  11. Los Alamos HIV database. https://www.hiv.lanl.gov.
  12. Riva C., Romano L., Saladini F., Lai A., Carr J.K., Francisci D. et al. Identification of a possible ancestor of the subtype A1 HIV Type 1 variant circulating in the former Soviet Union. AIDS Res Hum Retroviruses. AIDS Res. Hum. Retroviruses 2008; 24(10): 1319–25. DOI: 10.1089/aid.2008. 0119.
  13. Menéndez-Arias L., Alvarez M. Antiretroviral therapy and drug resistance in human immunodeficiency virus type 2 infection. Antiviral Res. 2014; 102: 70–86. DOI: 10.1016/j.antiviral.2013.12.001.
  14. World Health Organization. Ebola situation report 16 December 2015. http://apps.who.int/iris/bitstream/10665/202501/1/ebolasitrep_16Dec2015_eng.pdf
  15. Leuenberger D., Hebelamou J., Strahm S., De Rekeneire N., Balestre E., Wandeler G. Dabis F; IeDEA West Africa study group. Impact of the Ebola epidemic on general and HIV care in Macenta, Forest Guinea, 2014. AIDS. 2015; 29(14): 1883–7. DOI: 10.1097/QAD.0000000000000784.
  16. Ndawinz J.D., Cissé M., Diallo M.S., Sidibé C.T., D’Ortenzio E. Prevention of HIV spread during the Ebola outbreak in Guinea. Lancet 2015; 385(9976): 1393.
  17. REGA HIV-1 Subtyping Tool – Version 3.0. http://dbpartners.stanford.edu: 8080/RegaSubtyping/stanford-hiv/typingtool/.
  18. COMET HIV-1 v2.2 Subtyping Tool. https://comet.lih.lu.
  19. Stanford University HIV Drug Resistance Database. http://hivdb.stanford.edu.
  20. Major HIV-1 Drug Resistance Mutations. Updated Feb 4, 2019. https://hivdb. stanford.edu/assets/media/resistance-mutation-handout-feb2019.b0204a57. pdf


Об авторах / Для корреспонденции


Лаповок Илья Андреевич – к.б.н., научный сотрудник ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора, Москва, Россия; e-mail: i_lapovok@mail.ru; ORCID: https://orcid.org/0000-0002-6328-1415
Салеева Дарья Владиславовна – лаборант-исследователь ФБУН ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора, Москва, Россия;, e-mail: dasha_saleeva@inbox.ru; ORCID: https://orcid.org/0000-0002-5870-5594
Кириченко Алина Алексеевна – младший научный сотрудник ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора, Москва, Россия;e-mail: kotova-kirichenko@mail.ru; ORCID: http://orcid.org/0000-0002-7116-0138
Мурзакова Анастасия Вениаминовна – младший научный сотрудник ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора, Москва, Россия;e-mail: murzakova_a.v@mail.ru; ORCID: http://orcid.org/ 0000-0002-1390-8021
Лопатухин Алексей Эдуардович – научный сотрудник ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора, Москва, Россия; e-mail: a.lopatukhin@gmail.com; ORCID: http://orcid.org/0000-0002-2826-699X
Киреев Дмитрий Евгеньевич – к.б.н., научный сотрудник ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора, Москва, Россия; e-mail: dmitkireev@yandex.ru; ORCID: http://orcid.org/0000-0002-7896-2379
Касьян Жанетта Андреевна – к.м.н., старший научный сотрудник отдела диагностики инфекционных заболеваний ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора, Саратов, Россия; e-mail: kas.ja2na@rambler.ru; ORCID: http://orcid.org/0000-0001-8230-1672
Агафонов Дмитрий Алексеевич – к.б.н., старший научный сотрудник отдела микробиологии ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора, Саратов, Россия; e-mail: stone_dragon@mail.ru ORCID: http://orcid.org/0000-0001-9273-6063
Никифоров Константин Алексеевич – к.м.н., старший научный сотрудник отдела микробиологии ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора, Саратов, Россия; e-mail: nikiforov6666666@mail.ru; ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4115-9486
Плеханов Никита Александрович – к.б.н., старший научный сотрудник отдела микробиологии ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора, Саратов, Россия; e-mail: muscari.sp@yandex.ru; ORCID: https://orcid.org/0000-0002-2355-7018
Баяндин Роман Борисович - к.б.н., научный сотрудник ФБУН «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора, Кольцово, Новосибирская область, Россия; e-mail: romb@ngs.ru; ORCID: http://orcid.org/0000-0002-6460-0828
Карташов Михаил Юрьевич – к.б.н., старший научный сотрудник ФБУН «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора, Кольцово, Новосибирская область, Россия; e-mail: mikkartash@yandex.ru; ORCID: https://orcid.org/0000-0002-7857-6822
Шиповалов Андрей Владимирович – научный сотрудник ФБУН «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора, Кольцово, Новосибирская область, Россия; e-mail: shipovalov_av@vector.nsc.ru
Гашникова Мария Петровна – лаборант-исследователь ФБУН «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора, Кольцово, Новосибирская область, Россия; e-mail: gashnikova_mp@vector.nsc.ru; ORCID: https://orcid.org/0000-0001-9888-5422
Шипулин Герман Александрович – к.м.н., заведующий отделом молекулярной диагностики и эпидемиологии ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора, Москва, Россия; e-mail: shipgerman@gmail.com; ORCID: https://orcid.org/0000-0002-3668-6601
Boumbaly Sanaba – к.б.н., директор докторской школы при Исследовательском институте прикладной биологии Гвинеи, г. Киндия, Гвинейская Республика; e-mail: drboumbaly@yahoo.fr., ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4506-6033
Boiro Mamadu Yero – к.б.н., профессор, генеральный директор Исследовательского института прикладной биологии Гвинеи, г. Киндия, Гвинейская Республика; e-mail: myboiro@yahoo.fr, ORCID: https://orcid.org/0000-0003-3339-9380


Бионика Медиа