English
База данных «Нуклеотидные последовательности генома изолятов ВИЧ-1 в Приволжском федеральном округе»
DOI: https://dx.doi.org/10.18565/epidem.2025.15.2.61-67
Пекшева О.Ю., Зайцева Н.Н., Парфенова О.В., Лямшаева С.И., Епифанов В.Ю.
1) Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной Роспотребнадзора, Нижний Новгород, Россия; 2) ООО «ГК «Иннотех», Москва, Россия
Материалы и методы. Нуклеотидные последовательности генома ВИЧ-1 получали секвенированием фрагментов гена pol (pro, rev, int) образцов инфицированных пациентов из ПФО. Молекулярно-генетические, эпидемиологические и клинико-лабораторные данные были объединены и интегрированы с помощью функционала сводных таблиц и встроенного языка языка VBA Microsoft Excel в единый цифровой формат.
Результаты. Создана база данных (БД) «Нуклеотидные последовательности генома изолятов ВИЧ-1 в ПФО», содержащая информацию о 1201 образце ВИЧ-инфицированных, обследованных на наличие лекарственной устойчивости (ЛУ) ВИЧ с 2016 по 2023 г. БД позволяет выполнять анализ распространенности мутаций резистентности, субтипов ВИЧ, ЛУ к АРП, получить выборку пациентов по возрасту, полу, стадии ВИЧ-инфекции, препаратам и схемам терапии, приверженности, клинико-лабораторным параметрам. Выгрузка данных осуществляется в форматах Excel, PNG, JPEG, PDF, а нуклеотидных последовательностей ― в формате FASTA.
Заключение. Представленная БД оптимизирует проведение молекулярно-эпидемиологического мониторинга ЛУ ВИЧ и расследование случаев заражения ВИЧ, в том числе и с помощью филогенетического анализа при осуществлении эпидемиологического надзора за ВИЧ-инфекцией в ПФО.
Литература
1. Доклад по результатам исследования по оценке социально-экономических потерь общества от эпидемии ВИЧ/СПИД в России. Аналитический центр при Правительстве Российской Федерации. М., 2020. 264 с. [Report on the results of a study on the assessment of socio-economic losses of society from the HIV epidemic/AIDS in Russia. Analytical Center under the Government of the Russian Federation]. Moscow, 2020. 264 p. (In Russ.). 2. Зайцева Н.Н., Кузоватова Е.Е., Пекшева О.Ю., Тузова И.Н. ВИЧ-инфекция в Приволжском федеральном округе в 2023 г. Информационный бюллетень № 94. Нижний Новгород, 2024; (94): 1–54. Zaytseva, N.N., Kuzovatova E.E., Peksheva O.Yu., Tuzova I.N. 3. Ожмегова Е.Н., Бобкова М.Р. Лекарственная устойчивость ВИЧ: прежние и современные тенденции. Вопросы вирусологии 2022; 67(3): 193–205. DOI: 10.36233/0507-4088-113 Ozhmegova E.N., Bobkova M.R. 4 Киреев Д.Е., Кириченко А.А., Лопатухин А.Э., Шлыкова А.В., Галкин Н.Ю., Савельер Е.В. и др. Российская база данных устойчивости ВИЧ к антиретровирусным препаратам. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии 2023; 100(2): 219–227. DOI: 10/36233/0372-9311-345 Kireev D.E., Kirichenko A.A., Lopatukhin A.E., Shlykova A.V., Galkin N.Yu., Saveler E.V. et al. 5. Кузнецова А.И., Бобков В.Г., Лебедев А.В., Туманов А.С., Ким К.В., Чайковская Н.Э. и др. RuSIDA: онлайн-ресурс для сбора, хранения и анализа эпидемиолого-демографических и клинико-лабораторных данных пациентов. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессия. 2022; 14(4): 49–58. DOI: 10.22328/2077-9828-2022-14-4-49-58 Kuznetsova A.I., Bobkov V.G., Lebedev A.V., Tumanov A.S., Kim K.V., Chaikovskaia N.E. et al. 6. Лопатухин А., Ладная Н., Кириллова Л., Киреев Д., Никотина Л., Щепинова О. и др. ВИЧ-инфекция: применение методов генотипирования ВИЧ и филогенетического анализа при эпидемиологическом расследовании. Врач 2015; (2): 2–4. Lopatukhin A.E., Ladnaya N.A., Kirillova L., Kireev D.E., Nikotina L., Shchepinova O. et al. 7. Лаповок И.А., Лопатухин А.Э., Киреев Д.Е. Молекулярно-генетические методы анализа в расследовании нозокомиальных вспышек ВИЧ-инфекции. Инфекционные болезни 2020; 18(1): 53–59. DOI: 10.20953/1729-9225-2020-1-53-59 Lapovok I.A., Lopatukhin A.E., Kireev D.E. 8. Зайцева Н.Н., Парфенова О.В., Пекшева О.Ю., Ефимов Е.И., Потемина Л.П., Абрамян Т.Л. Опыт использования филогенетического анализа в эпидемиологическом расследовании случая заражения ВИЧ-инфекцией. Проблемы особо опасных инфекций 2016; (1): 61–63. DOI: 10.21055/0370-1069-2016-1-61-63 Zaytseva N.N., Parfenova O.V., Peksheva O.Yu., Efimov E.I., Potemina L.P., Abramyan T.L. 9. Bernard E.J., Azad Y., Vandamme A.M., Weait M., Geretti A.M. [HIV forensics: pitfalls and acceptable standards in the use of phylogenetic analysis as evidence in criminal investigations of HIV transmission. HIV. Med. 2007; 8(6): 382–387. DOI: 10.1111/j.1468-1293.2007.00486.x
Об авторах / Для корреспонденции
Пекшева Ольга Юрьевна – врач клинической лабораторной диагностики, заведующая лабораторией, Приволжский окружной центр по профилактике и борьбе со СПИДом, Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной Роспотребнадзора, Нижний Новгород, Россия; peolinn@mail.ru; https://orcid.org/0000-0003-1621-4962
Зайцева Наталья Николаевна – д.м.н., директор, Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной Роспотребнадзора, Нижний Новгород, Россия; zaytseva@nniiem.ru; https://orcid.org/0000-0001-5370-4026
Парфенова Ольга Владимировна – к.б.н., биолог, Приволжский окружной центр по профилактике и борьбе со СПИДом, Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной Роспотребнадзора, Нижний Новгород, Россия; olgaparfenova1960@mail.ru
Лямшаева Светлана Ивановна – врач клинической лабораторной диагностики, Приволжский окружной центр по профилактике и борьбе со СПИДом, Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной Роспотребнадзора, Нижний Новгород, Россия; liamchaeva@yandex.ru
Епифанов Владимир Юрьевич – эксперт Центра компетенций управления предприятием Дивизиона внедрения и консалтинга, ООО «ГК «Иннотех», Москва, Россия; v.y.epifanov@yandex.ru
Похожие статьи
