English
Цифровые решения (VGARus, SOLAR, «EpidSmart – модуль COVID») в системе эпидемиологического надзора за новой коронавирусной инфекцией (COVID-19)
DOI: https://dx.doi.org/10.18565/epidem.2025.15.1.43-50
Акимкин В.Г., Дубоделов Д.В., Есьман А.С., Кузин С.Н., Углева С.В., Черкашина А.С., Хафизов К.Ф., Сычева Н.В., Корабельникова М.И., Гасанов Г.А., Садофьев П.В., Самсонов А.А., Стратулат Д.В., Монахова А.А.
Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия
Материалы и методы. Обобщены сведения о функционировании программных решений в составе системы эпидемиологического надзора за период 2020–2023 гг. Проведен анализ сведений молекулярно-генетического мониторинга по данным платформы VGARus (Virus Genome Aggregator of Russia – платформа агрегирования результатов расшифровок генома возбудителей инфекционных и паразитарных заболеваний) за 2020–2023 гг., а также результатов ПЦР-исследований по данным платформы SOLAR (System of laboratory aggregation results – платформа агрегирования результатов лабораторных исследований) за 2022–2023 гг. и динамики заболеваемости новой коронавирусной инфекцией (COVID-19) населения Российской Федерации.
Результаты. Разработанные программные решения позволили эффективно модернизировать подсистемы эпидемиологического надзора за COVID-19 за счет изменений в сборе и хранении информации, а также при формировании эпидемиологического диагноза и краткосрочного прогноза. Представленные решения служат надежным источником обратной связи для повышения эффективности эпидемиологического контроля.
Заключение. Обосновано использование цифровых платформенных решений, созданных Центральным НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора. Показана эффективность разработанных платформ: VGARus, выполняющей роль системы агрегации информации о геномах вирусов; SOLAR, позволяющей использовать данные результатов ПЦР-исследований для контроля за распространением возбудителя; «EpidSmart – модуль COVID», которая используется в качестве аналитического инструмента для проведения оперативного и ретроспективного эпидемиологического анализа и прогноза распространения генетических вариантов патогенов. Внедрение подобных программных решений является перспективным для совершенствования эпидемиологического надзора за другими инфекционными болезнями.
Литература
1. Беляков В.Д., Дегтярев А.А., Иванников Ю.Г. Качество и эффективность противоэпидемических мероприятий. Л.: Медицина, 1981. 304 с.
Beliakov V.D., Degtiarev A.A., Ivannikov Yu.G.
2. Черкасский Б.Л. Теоретическое обоснование структуры эпидемиологического надзора. В кн: Эпидемиологический надзор за инфекционными болезнями: Сб. науч. тр. М., 1987.
Cherkasskу B.L.
3. Покровский В.И., ред. Руководство по эпидемиологии инфекционных болезней
Pokrovskу V.I., еd.
4. Virtanen P., Gommers R., Oliphant T.E., Haberland M., Reddy T., Cournapeau D., et. al. SciPy 1.0: Fundamental Algorithms for Scientific Computing in Python. Nature Methods 2020; (17): 261–272. DOI: 10.1038/s41592-019-0686-2
5. The pandas development team. (2024). pandas-dev/pandas: Pandas (v2.2.2). Zenodo. DOI: 10.5281/zenodo.10957263
6. Seabold S., Perktold J. Statsmodels: Econometric and Statistical Modeling with Python, 2010. DOI: 10.25080/Majora-92bf1922-011
7. Акимкин В.Г., Семененко Т.А., Хафизов К.Ф., Углева С.В., Дубоделов Д.В., Колосовская Е.В. Стратегия геномного эпидемиологического надзора. Проблемы и перспективы. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии 2024; 101(2): 163–172. DOI: 10.36233/0372-9311-507
Akimkin V.G., Semenenko T.A., Khafizov K.F., Ugleva S.V., Dubodelov D.V., Kolosovskaya E.N.
8. Акимкин В.Г., Семененко Т.А., Углева С.В., Дубоделов Д.В., Кузин С.Н., Яцышина С.Б. и др. COVID-19 в России: эпидемиология и молекулярно-генетический мониторинг. Вестник РАМН 2022; 77(4): 254–260. DOI: 10.15690/vramn2121
Akimkin V.G., Semenenko T.A., Ugleva S.V., Dubodelov D.V., Kuzin S.N,, Yacyshina S.B. et al.
9. Esman A., Dubodelov D., Khafizov K., Kotov I.A., Roev G., Golubev A. et al. Development and Application of Real-Time PCR-Based Screening for Identification of Omicron SARS-CoV-2 Variant Sublineages. Genes 2023; 14(6): 1218. DOI: 10.3390/genes14061218
10. Попова А.Ю., Ежлова Е.Б., Смоленский В.Ю. COVID-19: научно-практические аспекты борьбы с пандемией в Российской Федерации. Саратов: ООО «Амирит», 2021. 608 с.
Popova A.Yu., Ezhlova E.B., Smolenskу V.Yu.
11. Котов И.А., Аглетдинов М.Р., Роев Г.В., Пимкина Е.В., Надтока М.И., Пересадина А.В. и др. Геномный надзор за SARS-CoV-2 в Российской Федерации: возможности платформы VGARus. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии 2024; 101(4): 435–447. DOI: 10.36233/0372-9311-554
Kotov I.A., Agletdinov M.R., Roev G.V., Pimkina E.V., Nadtoka M.I., Transplantina A.V. et al.
12. Акимкин В.Г. Эпидемиология и диагностика COVID-19. Мониторинг эволюционных изменений вируса SARS-CoV-2. Вестник РАН 2024; 92(7): 647–653. DOI: 10.31857/S0869587322070027
Akimkin V.G.
13. Акимкин В.Г., Хафизов К.Ф., Дубоделов Д.В., Воронин Е.М., Черкашина А.С. и др. Молекулярно-генетический мониторинг и технологии цифровой трансформации в современной эпидемиологии. Вестник РАМН 2023; 78(4): 363–369. DOI: 10.15690/vramn13672
Akimkin V.G., Khafizov K.F., Dubodelov D.V., Voronin E.M., Cherkashina A.S. et al.
14. Акимкин В.Г., Семененко Т.А., Дубоделов Д.В., Хафизов К.Ф., Углева С.В. Теория саморегуляции паразитарных систем и COVID-19. Вестник РАМН 2024; 79(1): 33–41. DOI 10.15690/vramn11607
Akimkin V.G., Semenenko T.A., Dubodelov D.V., Khafizov K.F., Ugleva S.V.
Об авторах / Для корреспонденции
Акимкин Василий Геннадьевич – академик РАН, д.м.н., профессор, директор, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; crie@pcr.su; https://orcid.org/0000-0003-4228-9044.
Дубоделов Дмитрий Васильевич – к.м.н., старший научный сотрудник, лаборатория вирусных гепатитов, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; dubodelov@cmd.su; https://orcid.org/0000-0003-3093-5731
Есьман Анна Сергеевна – научный сотрудник лаборатории молекулярных методов изучения генетических полиморфизмов, Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора, Москва, Россия; esman@cmd.su; https://orcid.org/0000-0002-5456-7649
Кузин Станислав Николаевич – д.м.н., профессор, заведующий лаборатории вирусных гепатитов, Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора, Москва, Россия; kuzin@cmd.su; https://orcid.org/0000-0002-0616-9777
Углева Светлана Викторовна – д.м.н., доцент, руководитель научно-аналитического отдела, Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора, Москва, Россия; ugleva@cmd.su; https://orcid.org/0000-0002-1322-0155
Черкашина Анна Сергеевна – к.х.н., руководитель научной группы генной инженерии и биотехнологии, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; cherkashina@pcr.ms; https://orcid.org/0000-0001-7970-7495
Хафизов Камиль Фаридович – к.б.н., заведующий лаборатории геномных исследований, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; khafizov@cmd.su; https://orcid.org/0000-0001-5524-0296
Сычева Наталья Владимировна – младший научный сотрудник лаборатории инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; sycheva.n@cmd. su; https://orcid.org/0000-0001-8557-6540
Корабельникова Марина Игоревна – научный сотрудник лаборатории вирусных гепатитов, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; korabelnikova@cmd.su; https://orcid.org/0000-0002-2575-8569
Гасанов Гасан Алиевич – специалист научно-аналитического отдела, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; gasanov@cmd.su; https://orcid.org/0000-0002-0121-521X
Садофьев Павел Владимирович – программист информационных систем, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; sadofev@cmd.su; https://orcid.org/0009-0005-8892-9766
Самсонов Александр Андреевич – руководитель группы по управлению проектами, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; samsonov@cmd.su; https://orcid.org/0009-0007-8036-1883
Стратулат Денис Валерьевич – руководитель информационно-аналитической службы, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; stratylat@cmd.su; https://orcid.org/0009-0005-3483-9597
Монахова Ангелина Андреевна – аспирант, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; monaxova.angelina@mail.ru; https://orcid.org/0009-0000-9950-2649
Похожие статьи
