Влияние пандемии COVID-19 на структуру микробиоценоза кишечника


DOI: https://dx.doi.org/10.18565/epidem.2023.13.2.70-5

Битюмина Л.А., Куликова Н.Г., Плоскирева А.А., Горелов А.В.

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия
Цель исследования. Сравнение эпидемиологических закономерностей распространения нарушений микробиоценоза кишечника среди населения Российской Федерации до и во время пандемии новой коронавирусной инфекции SARS-CoV-2.
Материалы и методы. Проведен ретроспективный анализ результатов обследований на выявление нарушений микробиоценоза кишечника среди 72 798 пациентов в возрасте от 1 до 60 лет в периоды 01.2018–03.2020 и 04.2020–12.2022. Посев клинического материала на питательные среды и учет результатов проводили традиционными микробиологическими методами. Статистический анализ данных проводили с использованием стандартных методов описательной статистики с помощью программы Microsoft Office Excel 2010. Средние значения оценивали с учетом 95% доверительного интервала (95% ДИ) по методу Клоппера–Пирсона.
Результаты. В возрастной группе от 1 года до 60 лет выявлен рост нарушений микробиоценоза кишечника во время пандемии COVID-19 по сравнению с годами до пандемии. В 2018 – начале 2020 г. показатель не превышал 2,4 ± 0,02%, с 04.2020 он вырос до 77,9 ± 0,08%. Пандемия существенно изменила микробиоценоз кишечника в сторону преобладания условно-патогенной (Klebsiella spp., Enterobacter spp., Proteus spp.) и патогенной (Salmonella spp., Shigella spp.) флоры.
Заключение. Показатели микробиоценоза кишечника у пациентов в возрасте от 1 года до 60 лет до пандемии новой коронавирусной инфекции COVID-19 и во время пандемии значительно отличаются: происходит сдвиг в сторону увеличения дисбиоза, вызванного ростом условно-патогенной и патогенной флоры на фоне снижения облигатных симбионтов бифидобактерий, лактобактерий, энтерококков и типичной E. coli. Выявлено деструктивное влияние различных геновариантов вируса SARS-CoV-2 на кишечный микробиоценоз, выражающееся в повреждении филометаболического ядра, что может быть связано как с обширным применением антибиотиков, так и с повреждающим воздействием вируса на кишечник.
Ключевые слова: филометаболическое ядро, COVID-19, микробиоценоз, лактобактерии, бифидобактерии
Полный текст статьи доступен
в "Библиотеке Врача"

Литература


  1. Yeoh Y.K., Zuo T., Lui G.C., Zhang F., Liu Q., Li A.Y. et al. Gut microbiota composition reflects disease severity and dysfunctional immune responses in patients with COVID-19. Gut 2021; 70(4): 698–706. doi: 10.1136/gutjnl-2020-323020

  2. Mohapatra R.K., Pintilie L., Kandi V., Sarangi A.K., Das D., Sahu R. et al. The recent challenges of highly contagious COVID-19, causing respiratory infections: Symptoms, diagnosis, transmission, possible vaccines, animal models, and immunotherapy. Chem. Biol. Drug. Des. 2020; 96(5): 1187–208. doi: 10.1111/cbdd.13761

  3. Umakanthan S., Sahu P., Ranade A.V., Bukelo M.M., Rao J.S., Abrahao-Machado L.F. et al. Origin, transmission, diagnosis and management of coronavirus disease 2019 (COVID-19). Postgrad. Med. J. 2020; 96(1142): 753–8. doi: 10.1136/postgradmedj-2020-138234

  4. Davs H.E., McCorkell L., Vogel J.M., Topol E.J. Long COVID: major findings, mechanisms and recommendations. Nat. Rev. Microbiol. 2023; 21(3): 133–46. doi: 10.1038/s41579-022-00846-2

  5. Farsi Y., Tahvildari A., Arbabi M., Vazife F., Sechi L.A., Shahidi Bonjar A.H. et al. Diagnostic, Prognostic, and Therapeutic Roles of Gut Microbiota in COVID-19: A Comprehensive Systematic Review. Front Cell Infect. Microbiol. 2022; (12) : 804644. doi: 10.3389/fcimb.2022.804644

  6. Куликова Н.Г., Плоскирева А.А., Тронза Т.В., Усенко Д.В., Горелов А.В., Акимкин В.Г. Характеристика микробиоценоза кишечника населения в различных возрастных группах во время эпидемии COVID-19. Инфекционные болезни 2022; (4): 78–83.

  7. Yamamoto S., Saito M., Tamura A., Prawisuda D., Mizutani T., Yotsuyanagi H. The human microbiome and COVID-19: A systematic review. PLoS One 2021; 16(6): e0253293. doi: 10.1371/journal.pone. 0253293

  8. Бочков И.А., Юрко Л.П., Шуралева С.А., Юдицкая Н.М., Лавренова Э.С., Плахтий И.В. и др. Особенности микробной экологии толстой кишки у детей до 2 лет. Эпидемиология и инфекционные болезни 2012; (5): 29–33.

  9. Zhang F., Lau R.I., Liu Q., Su Q., Chan F.K.L., Ng S.C. Gut microbiota in COVID-19: key microbial changes, potential mechanisms and clinical applications. Nat. Rev. Gastroenterol. Hepatol. 2022: 1–15. doi: 10.1038/s41575-022-00698-4

  10. Kim S., Covington A., Pamer E.G. The intestinal microbiota: Antibiotics, colonization resistance, and enteric pathogens. Immunol. Rev. 2017; 279(1): 90–105. doi: 10.1111/imr.12563

  11. Borriello S.P., Honour P. Simplified procedure for the routine isolation of Clostridium difficile from faeces. J. Clin. Pathol. 1981; 34(10): 1124–7. doi: 10.1136/jcp.34.10.1124

  12. Rachina S., Kozlov R., Kurkova A., Portnyagina U., Palyutin S., Khokhlov A. et al. On Behalf Of Russian Working Group Of The Project. Antimicrobial Dispensing Practice in Community Pharmacies in Russia during the COVID-19 Pandemic. Antibiotics (Basel). 2022; 11(5): 586. doi: 10.3390/antibiotics11050586

  13. Акимкин В.Г., Попова А.Ю., Хафизов К.Ф., Дубоделов Д.В., Углева С.В., Семененко Т.А. и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение II: динамика циркуляции геновариантов вируса SARS-CoV-2. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии 2022; 99(4): 381–96. doi: 10.36233/0372-9311-295

  14. Gang J., Wang H., Xue X., Zhang S. Microbiota and COVID- 19: Long-term and complex influencing factors. Front. Microbiol. 2022;13: 963488. doi: 10.3389/fmicb.2022.963488

  15. Giannos P., Prokopidis K. Gut dysbiosis and long COVID- 19: Feeling gutted. J. Med. Virol. 2022; 94(7): 2917–8. doi: 10.1002/jmv.2768435233795; PMCID: PMC9088471.


Об авторах / Для корреспонденции

Битюмина Люция Айткалиевна – врач-бактериолог направления клинической микробиологии лаборатории клинической микробиологии и микробной экологии человека, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; bitumina@cmd.su; https://orcid.org/ 0000-0002-5378-0827
Куликова Нина Георгиевна – к.б.н., старший научный сотрудник направления клинической микробиологии лаборатории клинической микробиологии и микробной экологии человека, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; kulikova_ng@cmd.su; https://orcid.org/0000-0002-1716-6969
Плоскирева Антонина Александровна – д.м.н., профессор, заместитель директора по клинической работе, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; antoninna@mail.ru; https://orcid.org/0000-0002-3612-1889
Горелов Александр Васильевич, д.м.н., академик РАН, профессор, заместитель директора по научной работе, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора Москва, Россия; gorelov@cmd.su; https://orcid.org/0000-0001-9257-017


Похожие статьи

К содержанию номера

Бионика Медиа