Мультилокусное секвенирование-типирование Haemophilus influenzae серотипа b в эпидемиологическом надзоре за Hib-менингитами на территории России


Миронов К.О.

ФБУН Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия
Бактерии Haemophilus influenzae серотипа b относятся к частым возбудителям гнойных бактериальных менингитов у детей. Анализ информации, полученной с использованием метода мультилокусного секвенирования-типирования (МЛСТ), позволяет проводить генетическую характеристику циркулирующих возбудителей и определять вклад представителей тех или иных сиквенс-типов и клональных комплексов в эпидемический процесс при проведении ретроспективной или проспективной оценки эпидемической ситуации. В обзоре представлен анализ результатов МЛСТ российских изолятов H. influenzae серотипа b, содержащихся в базе данных http://pubmlst.org/hinfluenzae/, и эпидемиологическая характеристика выявленных сиквенс-типов и клональных комплексов.

Литература


1. Зверев В.В., Семенов Б.Ф., Хаитов Р.М., ред. Вакцины и вакцинация: национальное руководство. М.: ГЭОТАР-Медиа; 2011. 880 с.

2. Платонов А.Е., Королева И.С, Платонова О.В., Покровский В.И. Заболеваемость гнойными менингитами у детей в возрасте до 5 лет в Москве. Эпидемиол. и инфекц. бол. 2006; (4): 36–43.

3. Спирихина Л.В., Закроева И.М., Королева И.С., Лыткина И.Н., Пяева А.П. Гнойные бактериальные менингиты неменингококковой этиологии в Москве за 2002-2010 гг. Эпидемиол. инфекц. болезни. Актуал. вопр. 2011; (3): 17–23.

4. Peltola H. Worldwide Haemophilus influenzae type b disease at the beginning of the 21st century: global analysis of the disease burden 25 years after the use of the polysaccharide vaccine and a decade after the advent of conjugates. Clin. Microbiol. Rev. 2000; 13(2): 302–317.

5. Миронов К.О. Клональные комплексы Neisseria meningitidis, циркулирующие на территории России, и их роль в эпидемическом процессе менингококковой инфекции. Эпидемиол. инфекц. болезни. Актуал. вопр. 2016; (6): 52–61.

6. Платонов А.Е., Шипулин Г.А., Платонова О.В. Мультилокусное секвенирование – новый метод генотипирования бактерий и первые результаты его применения. Генетика 2000; 36(5): 597–605.

7. Feil E.J., Li B.C., Aanensen D.M., Hanage W.P., Spratt B.G. eBURST: Inferring Patterns of Evolutionary Descent among Clusters of Related Bacterial Genotypes from Multilocus Sequence Typing Data. J. Bacteriol. 2004; 186(5): 1518–30.

8. Jolley К.А., Maiden M.C.J. BIGSdb: Scalable analysis of bacterial genome variation at the population level. BMC Bioinformatics 2010; (11): 595.

9. Шипулин Г.А., Манзенюк И.Н. Вклад Центрального НИИ эпидемиологии в развитие отечественной молекулярной диагностики. Эпидемиол. инфекц. болезни. Актуал. вопр. 2014; (2): 21–7.

10. Миронов К.О. Платонов А.Е., Королева И.С., Шипулин Г.А. Генетические взаимоотношения московских и зарубежных штаммов Haemophilus influenzae серотипа b. Журн. микробиол. 2006; (6): 14–20.

11. Платонов А.Е., Миронов К.О., Яцышина С.Б., Королева И.С., Платонова О.В., Гущин А.Е., Шипулин Г.А. Характеристика московских штаммов Haemophilus influenzae типа b методом мультилокусного секвенирования-типирования. Молекулярная генетика, микро-биология и вирусология 2003; (2): 21–5.

12. Миронов К.О., Платонов А.Е., Николаев М.К., Королева И.С., Шипулин Г.А. Генетическая характеристика штаммов Haemophilus influenzae серотипа b, изолированных в регионах России. Журн. микробиол. 2010; (1): 24–8.

13. Миронов К.О., Тагаченкова Т.А., Королева И.С., Платонов А.Е., Шипулин Г.А. Результаты генетической характеристики Neisseria meningitidis и Haemophilus influenzae серотипа b (Hib). Медицинский алфавит. Эпидемиология и санитария 2010; (2): 13–4.

14. Платонов А.Е., Николаев М.К. Заболеваемость гнойными менингитами у детей в возрасте до 5 лет в регионах России. Эпидемиол. и инфекц. бол. 2007; (3): 10–8.

15. Эпидемиология и вакцинопрофилактика инфекции, вызываемой Haemophilus influenzae типа b: Методические рекомендации МР 3.3.1.0001-10. М., 2010.

16. Миронов К.О., Тагаченкова Т.А., Платонов А.Е., Яковенко М.Л., Королева И.С., Шипулин Г.А. Генетические характеристики бактерий Haemophilus influenzae серотипа b, вызывавших гнойный менингит у детей в г. Москве в 2007–2009 гг. Журн. микробиол. 2010; (4): 3–8.

17. Meats E., Feil E.J., Stringer S., Cody A.J., Goldstein R., Kroll J.S., Popovic T., Spratt B.G. Characterization of encapsulated and noncapsulated Haemophilus influenzae and determination of phylogenetic relationships by multilocus sequence typing. J. Clin. Microbiol. 2003; 41(4): 1623–36.

18. Hunter P.R., Gaston M.A. Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of Simpson’s index of diversity. J. Clin. Microbiol. 1988; (26): 2465–66.

19. Musser J.M., Kroll J.S., Moxon E.R., Selander R.K. Clonal population structure of encapsulated Haemophilus influenzae. Infect. Immun. 1988; 56(8): 1837–45.

20. Erwin A.L., Sandstedt S.A., Bonthuis P.J., Geelhood J.L., Nelson K.L., Unrath W.C., Diggle M.A., Theodore M.J., Pleatman C.R., Mothershed E.A., Sacchi C.T., Mayer L.W., Gilsdorf J.R., Smith A.L. Analysis of genetic relatedness of Haemophilus influenzae isolates by multilocus sequence typing. J. Bacteriol. 2008; 190(4): 1473–83.

21. Девяткина Н.П., Ильина Т.В., Королева И.С., Мартынов Ю.В., Демина А.А. Особенности заболеваемости гнойными менингитами, вызванными Streptococcus pneumoniae и Haemophilus influenzae типа b. Журн. микробиол. 1990; (1): 45–49.

22. Демина А.А. Эпидемиологический надзор за менингококковой инфекцией и гнойными бактериальными менингитами. Эпидемиол. и инфекц. бол. 1999; (2): 25–8.

23. Королева И.С., Демина А.А., Платонов А.Е., Белошицкий Г.В., Грачева А.М, Спирихина Л.В., Закроева И.М., Миронов К.О., Быкова Р.Н. Эпидемиологический надзор за гнойными бактериальными менингитами: материалы 20-летних наблюдений. Эпидемиология и вакцинопрофилактика 2003; (5): 10–3.

24. Bennett J.V., Platonov A.E., Slack M.P.E., Mala P., Burton A.H., Robertson S.E. Haemophilus influenzae type b (Hib) meningitis in the pre-vaccine era: a global review of incidence, age distribution, and case-fatality rates. Document WHO/V&B/02.18. Geneva, World Health Organization, 2002; 1–92.

25. Черкасский Б.Л. Глобальная эпидемиология. М.: Практическая медицина; 2008. 447 с.


Об авторах / Для корреспонденции


Для корреспонденции:
Миронов Константин Олегович – канд. мед. наук, руководитель науч. группы разработки новых методов выявления генетических полиморфизмов ФБУН Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора
Адрес: 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а
Телефон: +7(495) 305-54-24
E-mail: mironov@pcr.ru


Похожие статьи


Бионика Медиа