Разработка диагностической системы в формате ОТ-ПЦР в реальном времени для выявления РНК вируса Эбола Заир


Дедков В.Г., Сафонова М.В., Девяткин А.В., Долгова А.С., Пьянков О.В., Сергеев А.А., Агафонов А.П., Малеев В.В., Шипулин Г.А.

1Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва; 2НИИ медицины труда РАН, Москва; 3Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор», Новосибирск
В феврале 2014 г. на территории Республики Гвинея возникла вспышка лихорадки Эбола, распространившаяся затем на ряд соседних стран с общим количеством населения около 25 млн человек. Для предотвращения распространения этого опасного заболевания на территорию Российской Федерации разработана диагностическая система в формате ОТ-ПЦР в реальном времени для выявления РНК вируса Эбола Заир в биологических образцах. Аналитическая чувствительность системы составила 1–2 x 103 ГЭ/мл. Высокая специфичность системы показана на репрезентативной выборке генетического материала вирусного и бактериального происхождения, а также на образцах от клинически здоровых людей.

Литература



  1. King M.Q., A.J. Michael, Carstens B.E., Lefkowitz J.E. Virus Taxonomy, Classification and Nomenclature of Viruses. Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses, 2012.

  2. Lefebvre A., Fiet C., Belpois-Duchamp C., Tiv M., Astruc K., Aho Glélé L.S. Case fatality rates of Ebola virus diseases: A meta-analysis of World Health Organization data. Med. Mal. Infect. 2014.

  3. Платонов А.Е., Платонова О.В., Малеев В.В. Эбола, 2014 г. Эпидемиологические и социальные аспекты. Эпидемиол. инфекц. болезни. Актуал. вопр. 2014; 5: 34–49.

  4. Kuhn H.J., Dodd E.L., Wahl-Jensen V., Radoshitzky R.S., Bavari S., Jahrling B.P. Evaluation of Perceived Threat Differences Posed by Filovirus Variants. Biosec. Bioterr. 2011, 9(4): 361–371.

  5. Ebola hemorrhagic fever in Zaire, 1976. Bull. World Health Organ. 1978; 56: 271–293.

  6. Baron R.C., McCormick J.B., Zubeir O.A. Ebola virus disease in southern Sudan: hospital dissemination and intrafamilial spread. Bull. World Health Organ. 1983; 61(6): 997–1003.

  7. Okware S.I., Omaswa F.G., Zaramba S., Opio A., Lutwama J.J., Kamugisha J., Rwaguma E.B., Kagwa P., Lamunu M. An outbreak of Ebola in Uganda. Trop. Med. Int. Health 2002; 7(12): 1068–1075.

  8. http://www.cdc.gov/vhf/ebola/outbreaks/2014-west-africa/index.html

  9. http://www.who.int/csr/disease/ebola/situation-reports

  10. Maganga D.G., Kapetshi J., Berthet N., Kebela Ilunga B., Kabange F., Mbala Kingebeni P., Mondonge V., Muyembe J.J., Bertherat E., Briand S., Cabore J., Epelboin A., Formenty P., Kobinger G., González-Angulo L., Labouba I., Manuguerra J.C., Okwo-Bele J.M., Dye C., Leroy E.M. Ebola Virus Disease in the Democratic Republic of Congo. N. Engl. J. Med. 2014; 371(22): 2083–2091.

  11. Gire K. S., Goba A., Andersen G.K., Sealfon R.S., Park D.J., Kanneh L., Jalloh S., Momoh M., Fullah M., Dudas G., Wohl S., Moses L.M., Yozwiak N.L., Winnicki S., Matranga C.B., Malboeuf C.M., Qu J., Gladden A.D., Schaffner S.F., Yang X., Jiang P.P., Nekoui M., Colubri A., Coomber M.R., Fonnie M., Moigboi A., Gbakie M., Kamara F.K., Tucker V., Konuwa E., Saffa S., Sellu J., Jalloh A.A., Kovoma A., Koninga J., Mustapha I., Kargbo K., Foday M., Yillah M., Kanneh F., Robert W., Massally J.L., Chapman S.B., Bochicchio J., Murphy C., Nusbaum C., Young S., Birren B.W., Grant D.S., Scheiffelin J.S., Lander E.S., Happi C., Gevao S.M., Gnirke A, Rambaut A., Garry R.F., Khan S.H., Sabeti P.C. Genomic surveillance elucidates Ebola virus origin and transmission during the 2014 outbreak. Science 2014; 345(6202): 1369–1372.

  12. Tyagi S., Kramer F.R. Molecular beacons: probes that fluoresce upon hybridization. Nat. Biotechnol. 1996; 14(3): 303–308.

  13. Van Pelt-Verkuil E., van Belkum A., Hays J.P. Principles and Technical Aspects of PCR Amplification. New York: Springer, 2008.

  14. Yuryev A., ed. PCR Primer Design. New Jersey, Totowa: Humana Press Inc., 2007.

  15. http://www.basic.northwestern.edu/biotools/OligoCalc.html

  16. http://mfold.rna.albany.edu

  17. Maniatis T., Fritsch E. E., Sambrook J. Molecular Cloning, A laboratory Manual. Cold Spring Harbor Laboratory, 2003.

  18. Cheng Y., Niu J., Zhang Y., Huang J., Li Q. Preparation of His-Tagged Armored RNA Phage Particles as a Control of Serve Acute Respiratory Syndrome Coronavirus. J. Clin. Microb. 2006; 44(10): 3557–3561.


Об авторах / Для корреспонденции


Для корреспонденции:
Дедков Владимир Георгиевич  – мл. науч. сотр. Центрального НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора
Адрес: 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а
Телефон: +7 (495) 672-10-69
Е-mail: vgdedkov@mail.ru

Сведения об авторах:
Сафонова Марина Викторовна – мл. науч. сотр. Центрального НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора; marina-iris@mail.ru
Девяткин Андрей Андреевич – мл. науч. сотр. Центрального НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора; andreideviatkin@gmail.com
Долгова Анна Сергеевна – мл. науч. сотр. Центрального НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора; annadolgova@inbox.ru
Пьянков Олег Викторович – канд. биол. наук, зав. лаб. коллекции вирусов 1-й группы патогенности Государственного научного центра вирусологии и биотехнологии «Вектор»; pyankov@vector.nsc.ru
Сергеев Артемий Александрович – канд. мед. наук, зав. лаб. оспы Государственного научного центра вирусологии и биотехнологии «Вектор»; artsergeev@mail.ru
Агафонов Александр Петрович – д-р биол. наук, зам. генерального дир. по научной работе Государственного научного центра вирусологии и биотехнологии «Вектор»; gafonov@vector.nsc.ru
Малеев Виктор Васильевич – акад. РАН, д-р мед. наук, проф., зам. дир. по научной работе Центрального НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора; maleyev@pcr.ru
Шипулин Герман Александрович – канд. мед. наук, руководитель отд. молекулярной диагностики и эпидемиологии Центрального НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора; german@pcr.ru


Похожие статьи


Бионика Медиа