Анализ генетического разнообразия вируса Кемерово и его филогенетические связи с вирусами группы Грейт-Айленд


DOI: https://dx.doi.org/10.18565/epidem.2018.2.17-27

Сафонова М.В., Дедков В.Г., Гмыль А.П. , Карганова Г.Г., Сперанская А.С., Неверов А.Д., Федонин Г.Г., Пимкина Е.В., Валдохина А.В., Хафизов К.Ф., Самохина Е.Н., Шипулин Г.А.

1 ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора, Москва, Россия; 2 ФБУН «Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера» Роспотребнадора, Санкт-Петербург, Россия; 3 ФГАОУ ВО «Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова» Минздрава России (Сеченовский Университет), Москва, Россия; 4 ФГБНУ «Федеральный научный центр исследований и разработки иммунобиологических препаратов им. М.П. Чумакова» РАН, Москва, Россия; 5 ФГБОУ ВПО «Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова», Москва, Россия
Вирус Кемерово является арбовирусом, принадлежащим к роду Orbivirus семейства Reoviridae. Он способен вызывать у человека заболевания с симптомами менингоэнцефалита. Современные данные о генетическом разнообразии вируса Кемерово, его базовых эпидемиологических характеристиках и вкладе в структуру инфекций, передающихся клещами, недостаточны. Для изучения генетического разнообразия вируса и его взаимоотношений с родственными вирусами, представителями группы Грейт-Айленд, проведено секвенирование геномов 10 штаммов вируса Кемерово, изолированных из разных источников на территории Российской Федерации в период с 1962 по 1975 гг., и филогенетический анализ полученных нуклеотидных последовательностей. Установлен процент нуклеотидной идентичности представителей группы Грейт-Айленд по сегменту, кодирующему последовательность белка VP3. На основании полученных данных обсуждаются генетическое родство вирусов группы Грейт-Aйленд и возможные пути их распространения.

Литература


1. Belaganahalli M.N., Maan S., Maan N.S., Brownlie J., Tesh R., Attoui H,, Mertens P.P. Genetic characterization of the tick-borne orbiviruses. Viruses 2015; 7(5): 2185–209. DOI: 10.3390/v7052185

2. Mertens P.P.C., Maan S., Samuel A., Attoui H. Orbiviruses, reoviridae in Virus Taxonomy. Eighth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. London, UK, 2005; 466–83.

3. Brown S.E., Gorman B.M., Tesh R.B., Knudson D.L. Isolation of bluetongue and epizootic hemorrhagic disease viruses from mosquitoes collected in Indonesia. Vet. Microbiol. 1992; 32(3–4): 241–52.

4. Martins L.C., Diniz J.A., Silva E.V., Barros V.L., Monteiro H.A., Azevedo R.S., Quaresma .JA., Vasconcelos P.F. Characterization of minacu virus (reoviridae: Orbivirus) and pathological changes in experimentally infected newborn mice. Int. J. Exp. Pathol. 2007; 88(1): 63–73. DOI: 10.1111/j.1365-2613.2006.00516.x

5. Vieira C de M., Nunes M.R., da Silva E.V., Carvalho V.L., Nunes Neto J.P., Cruz A.C., Casseb S.M., Vasconcelos H.B., Quaresma J.A., Vasconcelos P.F. Full-length sequencing and genetic characterization of Breu Branco virus (reoviridae, orbivirus) and two related strains isolated from anopheles mosquitoes. J. Gen. Virol. 2009; 90(9): 2183–90. DOI: 10.1099/vir.0.010165-0

6. Belaganahalli M.N., Maan S., Maan N.S., Nomikou K., Guimera M., Brownlie J., Tesh R., Attoui H., Mertens P.P. Full genome sequencing of Corriparta virus, identifies california mosquito pool virus as a member of the corriparta virus species. PLoS One 2013; 27; 8(8): e70779. DOI: 10.1371/journal.pone.0070779

7. Kapoor A., Tesh R.B., Duraisamy R., Popov V.L., Travassos da Rosa A.P., Lipkin W.I. A novel mosquito-borne orbivirus species found in south-east asia. J. Gen. Virol. 2013; 94(5):1051–7. DOI: 10.1099/vir.0.046748-0

8. Cooper E., Anbalagan S., Klumper P., Scherba G., Simonson R.R., Hause B.M. Mobuck virus genome sequence and phylogenetic analysis: Identification of a novel orbivirus isolated from a white-tailed deer in Missouri, USA. J. Gen. Virol. 2014; 95(1): 110–6. DOI: 10.1099/vir.0.058800-0

9. Zhao G., Krishnamurthy S., Cai Z., Popov V.L., Travassos da Rosa A.P., Guzman H., Cao S., Virgin H.W., Tesh R.B., Wang D. Identification of novel viruses using virushunter – An automated data analysis pipeline. PLoS One 2013; 8(10): e78470. DOI: 10.1371/journal.pone.0078470

10. Karabatsos N. International Catalogue of Arboviruses Including Certain Other Viruses of Vertebrates, 3rd ed. American Society of Tropical Medicine and Hygiene: San Antonio, TX, USA, 1985.

11. Attoui H., Mohd J.F., Belhouchet M., Biagini P., Cantaloube J.F., de Micco P., de Lamballerie X. Expansion of family Reoviridae to include nine-segmented dsRNA viruses: isolation and characterization of a new virus designated Aedes pseudoscutellaris reovirus assigned to a proposed genus (Dinovernavirus). Virology 2005; 343(2): 212–23. DOI: 10.1016/j.virol.2005.08.028

12. Belaganahalli M.N., Maan S., Maan N.S., Nomikou K., Pritchard I., Lunt R., Kirkland P.D., Attoui H., Brownlie J., Mertens P.P. Full genome sequencing and genetic characterization of Eubenangee viruses identify Pata virus as a distinct species within the genus Orbiviru. PLoS One 2012; 7(3): e31911. DOI: 10.1371/journal.pone.0031911

13. Maan N.S., Maan S., Belaganahalli M.N., Ostlund E.N., Johnson D.J., Nomikou K., Mertens P.P. Identification and differentiation of the twenty six bluetongue virus serotypes by RT-PCR amplification of the serotype-specific genome segment 2. PLoS One 2012; 7(2): e32601. DOI: 10.1371/journal.pone.0032601

14. Attoui H., Maan S.S., Anthony S.J., Mertens P.P. Bluetongue virus, other orbiviruses and other reoviruses: Their relationships and taxonomy. In: Bluetongue. Monograph, 1st ed. London, UK: Elsevier/Academic Press; 2009: 23–552.

15. Chumakov M.P., Ernek E., Kozuch O., Sarmanov E., Sergeeva G.I., Tapupere V.O., Bychkova M.B., Karpovich L.G., Libikova H., Rehacek J., Mayer V. Report on Isolation from Ixodes persulcatus ticks and from patients in Western Siberia of a virus differing from agent of tick-borne encephalitis. Acta Virol. 1963; 7(1): 82–3.

16. Libíková H., Tesarová J., Rajcáni J. Experimental infection of monkeys with Kemerovo virus. Acta Virol. 1970; 14(1): 64–9.

17. King A., Adams M.J., Carstens E.B. eds. In Virus Taxonomy, Classification and Nomenclature of Viruses. Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses, 2012. https://talk.ictvonline.org/ictv-reports/ictv_9th_report/

18. Черкасский Б.Л. Инфекционные и паразитарные болезни человека. Справочник по эпидемиологии. М.: Медицинская газета, 1994. 617 с.

19. Dedkov V.G., Markelov M.L., Gridneva K.A., Bekova M.V., Gmyl A.P., Kozlovskaya L.I., Karganova G.G., Romanova L.Yu., Pogodina V.V, Yakimenko V.V., Shipulin G.A. Prevalence of Kemerovo virus in Ixodid ticks from the Russian Federation. Ticks Tick Borne Dis. 2014; 5(6): 651–5. DOI: 10.1016/j.ttbdis.2014.04.017

20. Dedkov V.G., Dubina D.A., Yurchenko O.A., Bekova M.V., Valdokhina A.V., Shipulin G.A. Characterization of two strains of Tribeč virus isolated in Ukraine. Vector Borne Zoonotic. Dis. 2014; 14(11): 808–16. DOI: 10.1089/vbz.2014.1683

21. Belhouchet M., Mohd J.F., Tesh J.R., Grimes J., Maan S., Mertens P.P., Attoui H. Complete sequence of Great Island virus and comparison with the T2 and outer-capsid proteins of Kemerovo, Lipovnik and Tribec viruses (genus Orbivirus, family Reoviridae). J. Gen. Virol. 2010; 91(12): 2985–93. DOI: 10.1099/vir.0.024760-0

22. Maan S., Rao S., Maan N.S., Anthony S.J., Attoui H., Samuel A.R., Mertens P.P. Rapid cDNA synthesis and sequencing techniques for the genetic study of bluetongue and other dsRNA viruses. J. Virol. Methods 2007; 143(2): 132–9. DOI: 10.1016/j.jviromet.2007.02.016

23. Edgar R.C. MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. Nucleic Acids Res. 2004; 32(5): 1792–7. DOI: 10.1093/nar/gkh340

24. Nei M., Kumar S. Molecular Evolution and Phylogenetics. Cambridge University Press 2001; 77(1): 117–20.

25. Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M., Kumar S. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 2011; 28(10): 2731–9. DOI: 10.1093/molbev/msr121

26. Ejiri H., Lim C.K, Isawa H., Kuwata R., Kobayashi D., Yamaguchi Y., Takayama-Ito M., Kinoshita H., Kakiuchi S., Horiya M., Kotaki A., Takasaki T., Maeda K., Hayashi T., Sasaki T., Kobayashi M., Saijo M., Sawabe K. Genetic and biological characterization of Muko virus, a new distinct member of the species Great Island virus (genus Orbivirus, family Reoviridae), isolated from ixodid ticks in Japan. Arch. Virol. 2015; 160(12): 2965–77. DOI: 10.1007/s00705-015-2588-7.

27. Юдин К., Фирсова Л.В. Фауна России и сопредельных стран. Птицы. Т. II, вып. 2. Ржанкообразные. СПб: Наука, 2002. 667 p.

28. Рябицев В.К. Птицы Урала, Приуралья и Западной Сибири. 3-е изд., испр. и доп. Екатеринбург: Урал, 2008. 634 с.

29. Gresikova M., Nosek J., Kozuch O., Ernek E., Lichard M. Study on ecology of Tribec virus. Acta Virol. 1965; 9(1): 83–8.

30. Libikova H., Rehacek J., Somogyiova J. Viruses related to Kemerovo virus in Ixodes ricinus ticks in Czechoslovakia. Acta Virol. 1965; 9(1): 76–82.

Для цитирования: Сафонова М.В., Дедков В.Г., Гмыль А.П. , Карганова Г.Г., Сперанская А.С., Неверов А.Д., Федонин Г.Г., Пимкина Е.В., Валдохина А.В., Хафизов К.Ф., Самохина Е.Н., Шипулин Г.А. Анализ генетического разнообразия вируса Кемерово и его филогенетические связи с вирусами группы ГрейтАйленд.Эпидемиол. инфекц. болезни. Актуал. вопр. 2018; (2):17–27


Об авторах / Для корреспонденции


Для корреспонденции:
Сафонова Марина Викторовна – научный сотрудник ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора»
Адрес: 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а
Телефон: +7(495) 672-10-69
E-mail: marina-iris@ mail.ru
Сведения об авторах:
Дедков Владимир Георгиевич – к.м.н., заместитель директора по научной работе ФБУН «Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера» Роспотребнадзора; e-mail: vdedkov@cmd.su
Гмыль Анатолий Петрович – к.б.н., доцент кафедры организации и технологии иммунобиологических препаратов ФГАОУ ВО «Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова» Минздрава России (Сеченовский Университет); заведующий лабораторией биохимии ФГБНУ «Федеральный научный центр исследований и разработки иммунобиологических препаратов им. М.П. Чумакова» РАН
Карганова Галина Григорьевна – д.б.н., профессор, заведующая лабораторией арбовирусов ФГБНУ «Федеральный научный центр исследований и разработки иммунобиологических препаратов им. М.П. Чумакова» РАН; профессор кафедры вирусологии биологического факультета ФГБОУ ВПО «Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова»; е-mail: karganova@bk.ru
Сперанская Анна Сергеевна – к.б.н., научный сотрудник ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора; е-mail: anna.speranskaya@pcr.ms
Неверов Алексей Дмитриевич – к.б.н., руководитель группы биоинформатики ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора; е-mail: neva@cmd.su
Федонин Геннадий Геннадьевич, к. физ.-мат. н., биоинформатик-программист ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора; е-mail: gennady.fedonin@gmail.com
Валдохина Анна Владимировна – младший научный сотрудник ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора; е-mail: anna_valdokhina@yandex.ru
Пимкина Екатерина Владимировна – младший научный сотрудник ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора; е-mail: tsybina.katja@gmail.com
Хафизов Камиль Фаридович – к.м.н., руководитель научной группы разработки новых методов диагностики на основе технологии секвенирования следующего поколения ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора; е-mail: khafizov@cmd.su
Самохина Евгения Николаевна – научный сотрудник ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора; е-mail: Yumi@cmd.su
Шипулин Герман Александрович – к.м.н., руководитель отделения молекулярной диагностики и эпидемиологии ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора; е-mail: german@pcr.ru


Похожие статьи


Бионика Медиа