Анализ молекулярных кластеров для оценки эпидемии ВИЧ-инфекции в Алтайском крае в 2017–2024 гг.
Цель исследования. Анализ молекулярных кластеров (МК-анализ) нуклеотидных последовательностей генома различной длины в образцах ВИЧ-1, собранных в Алтайском крае в 2017 и 2022–2024 гг., с использованием различных порогов генетической дистанции.Лаповок И.А., Кириченко А.А., Баяндина С.В., Сыркина А.В., Фомина Д.В., Шлыкова А.В., Лукьяненко Н.В., Асманова М.А., Сафьянова Т.В., Сафронова А.Е., Шевченко В.В., Киреев Д.Е.
Материал и методы. Были проанализированы 364 нуклеотидные последовательности гена pol ВИЧ-1 образцов, полученных от лиц, живущих с ВИЧ (ЛЖВ), в Алтайском крае в 2022–2024 гг. и 82 ранее опубликованные последовательности образцов ВИЧ-1, полученные в 2017 г. Были проведены генотипирование нуклеотидных последовательностей, филогенетический анализ, а также МК-анализ для последовательностей разной длины с применением порогов генетической дистанции 1,5% и 0,5%.
Результаты. Основным генетическим вариантом ВИЧ-1 в исследованной коллекции оказался CRF63_02A6 (74,22%). Было выявлено в общей сложности 16 кластеров, из которых лишь 3 включали пары образцов, полученных от ЛЖВ из разных уязвимых групп. Для двух ЛЖВ была уточнена информация об уязвимой группе. При анализе последовательностей большей длины были получены более достоверные результаты.
Заключение. На примере анализа образцов ВИЧ-1 из Алтайского края была продемонстрирована эффективность МК-анализа для дополнения данных об эпидемии ВИЧ-инфекции в регионе. Между тем существует необходимость более серьезного анализа генетических вариантов ВИЧ-1 в этом регионе с использованием коллекций образцов ВИЧ-1, непрерывно собираемых на протяжении длительного времени.
Ключевые слова
ВИЧ-1
МК-анализ
генетический вариант
генетическая дистанция
Список литературы
1. Oster A.M., France A.M., Panneer N., Bañez-Ocfemia M.C., Campbell E., Dasgupta S. et al. Identifying clusters of recent and rapid HIV transmission through analysis of molecular surveillance data. J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 2018; 79(5): 543–550. DOI: 10.1097/QAI.0000000000001856
2. Акимкин В.Г., Кириченко А.А., Киреев Д.Е. Возможности применения анализа молекулярных кластеров ВИЧ-1 для изучения эпидемического процесса ВИЧ-инфекции. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии 2026; 103(2): 161–170. [Akimkin V.G., Kirichenko A.A., Kireev D.E. The possibilities of using HIV-1 molecular cluster analysis to study the epidemic process of HIV infection. Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology. 2026;103(2):161–170. (In Russ.)]. DOI: 10.36233/0372-9311-834
3. Лаповок И.А., Лопатухин А.Э., Киреев Д.Е. Двойная ВИЧ-инфекция: эпидемиология, клиническая значимость и диагностика. Инфекционные болезни 2019; 17(2): 87–93. [Lapovok I.A., Lopatukhin A.E., Kireev D.E. Dual HIV infection: epidemiology, clinical significance, and diagnosis. Infectious Diseases 2019; 17(2): 87–93. (In Russ.)]. DOI: 10.20953/1729-9225-2019-2-87-93
4. Oster A.M., Wertheim J.O., Hernandez A.L. Using Molecular HIV Surveillance Data to Understand Transmission between Subpopulations in the United States. J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 2015; 70(4): 444–451. DOI: 10.1097/QAI.0000000000000809
5. France A.M., Hallmark C.J., Panneer N., Billock R., Russell O.O., Plaster M. et al. Nationwide Implementation of HIV Molecular Cluster Detection by Centers for Disease Control and Prevention and State and Local Health Departments, United States. Emerg. Infect. Dis. 2025; 31(13): 80–88. DOI: 10.3201/eid3113.241143
6. Kirichenko A., Kireev D., Lapovok I., Shlykova A., Lopatukhin A., Pokrovskaya A. et al. HIV-1 Drug Resistance among Treatment-Naïve Patients in Russia: Analysis of the National Database, 2006–2022. Viruses 2023; 15(4): 991. DOI: 10.3390/v15040991
7. Лукьяненко Н.В., Киреев Д.Е., Лаповок И.А., Кириченко А.А., Шлыкова А.В., Фомина Д.В. и др. Анализ заболеваемости ВИЧ-инфекцией в Алтайском крае в 2022 г. Якутский медицинский журнал 2024; 4(88): 80–84. [Lukyanenko N.V., Kireev D.E., Lapovok I.A., Кirichenko A.A., Shlykova A.V., Fomina D.V. et al. Analysis of the incidence of HIV infection in the Altai Territory in 2022. Yakut Medical Journal 2024; 4(88): 80–84. (In Russ.)]. DOI: 10.25789/YMJ.2024.88.19
8. Лаповок И.А., Лопатухин А.Э., Киреев Д.Е. Молекулярно-генетические методы анализа в расследовании нозокомиальных вспышек ВИЧ-инфекции. Инфекционные болезни 2020; 18(1): 53–59. [Lapovok I.A., Lopatukhin A.E., Kireev D.E. Molecular-genetic methods of analysis for investigations of HIV-outbreaks. Infectious Diseases 2020; 18(1): 53–59. (In Russ.)]. DOI: 10.20953/1729-9225-2020-1-53-59
9. Казеннова Е.В., Антонова А.А., Ожмегова Е.Н., Демьяненко Э.Р., Минакова М.В., Белоусова О.В. и др. Генетический анализ ВИЧ-1 в Алтайском крае: дальнейшее распространение варианта CRF63_02A1 по территории Западной Сибири. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии 2020; 12(1): 47–57. [Kazennova E.V., Antonova А.А., Ozhmegova Е.N., Demyanenko E.R., Minakova M.V., Belousova O.V. et al. Genetic analysis of HIV-1 in the Altai Kray: the further spread of the CRF63_02A1 variant in Western Siberia. HIV Infection and Immunosuppressive Disorders 2020; 12(1): 47–57. (In Russ.)]. DOI: 10.22328/2077-9828-2020-12-1-47-57
10. Baryshev P., Bogachev V., Gashnikova N. HIV-1 genetic diversity in Russia: CRF63_02A1, a new HIV type 1 genetic variant spreading in Siberia. AIDS Res. Hum. Retroviruses 2014; 30(6): 592–597. DOI: 10.1089/aid.2013.0196
11. Антонова А.А., Кузнецова А.И., Ожмегова Е.Н., Лебедев А.В., Казеннова Е.В., Ким К.В. и др. Генетическое разнообразие ВИЧ-1 на современном этапе эпидемии в Российской Федерации: увеличение распространенности рекомбинантных форм. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии 2023; 15(3): 61–72. [Antonova A.A., Kuznetsova A.I., Ozhmegova E.N., Lebedev A.V., Kazennova E.V., Kim K.V. et al. Genetic diversity of HIV-1 at the current stage of the epidemic in the Russian Federation: an increase in the prevalence of recombinant forms. HIV Infection and Immunosuppressive Disorders 2023; 15(3): 61–72. (In Russ.)]. DOI: 10.22328/2077-9828-2023-15-3-61-72
12. Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumaret S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0. Molecular Biology and Evolution 2013; 30(12): 2725–2729. DOI: 10.1093/molbev/mst197
13. Bobkova M. Current status of HIV-1 diversity and drug resistance monitoring in the former USSR. AIDS Rev. 2013; 15(4): 204–212.
14. Alexiev I., Shankar A., Pan Y., Grigorova L., Partsuneva A., Dimitrova R. et al. Transmitted HIV Drug Resistance in Bulgaria Occurs in Clusters of Individuals from Different Transmission Groups and Various Subtypes (2012–2020). Viruses 2023; 15(4): 941. DOI: 10.3390/v15040941
Об авторах / Для корреспонденции
Лаповок Илья Андреевич – к.б.н., старший научный сотрудник, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; i_lapovok@mail.ru; https://orcid.org/0000-0002-6328-1415Кириченко Алина Алексеевна – к.м.н., старший научный сотрудник, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; kirichenko@cmd.su; https://orcid.org/0000-0002-7116-0138
Баяндина Светлана Валентиновна – младший научный сотрудник, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; bayandina@cmd.su; https://orcid.org/0009-0008-7211-568X
Сыркина Арина Викторовна – младший научный сотрудник, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; syrkina@cmd.su; https://orcid.org/0009-0003-2733-6663
Фомина Дарья Владиславовна – к.м.н., научный сотрудник, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора; старший научный сотрудник, Государственный научный центр – Федеральный медицинский биофизический центр им. А.И. Бурназяна ФМБА России, Москва, Россия; dasha_saleeva@inbox.ru; http://orcid.org/0000-0002-5870-5594
Шлыкова Анастасия Вениаминовна – научный сотрудник, Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; murzakova_a.v@mail.ru; https://orcid.org/0000-0002-1390-8021
Лукьяненко Наталья Валентиновна – д.м.н., профессор, профессор кафедры эпидемиологии, Алтайский государственный медицинский университет Минздрава России, Барнаул, Россия; natvalluk@mail.ru; https://orcid.org/0000-0002-0003-5145
Асманова Мария Андреевна – к.м.н., доцент кафедры эпидемиологии, Алтайский государственный медицинский университет Минздрава России, Барнаул, Россия; latmaria@mail.ru; https://orcid.org/0000-0003-2515-4658
Сафьянова Татьяна Викторовна – д.м.н., профессор, заведующая кафедрой эпидемиологии, Алтайский государственный медицинский университет Минздрава России, Барнаул, Россия; tvsafyanova@yandex.ru; https://orcid.org/0000-0003-3293-4265
Сафронова Арина Евгеньевна – преподаватель кафедры эпидемиологиии. Алтайский государственный медицинский университет Минздрава России, Барнаул, Россия; safariev00@mail.ru; https://orcid.org/0009-0009-7350-6073
Шевченко Валерий Владимирович – к.м.н., главный внештатный инфекционист, Главное управление Алтайского края по здравоохранению и фармацевтической деятельности; доцент, Алтайский государственный медицинский университет Минздрава России, Барнаул, Россия; главный врач, Алтайский краевой центр по профилактике и борьбе со СПИДом и инфекционными заболеваниями, Барнаул, Россия; infecgepatit@yandex.ru; https://orcid.org/0000-0001-6282-5495
Киреев Дмитрий Евгеньевич – д.м.н., заведующий лабораторией диагностики и молекулярной эпидемиологии ВИЧ-инфекции Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия; dmitkireev@yandex.ru; https://orcid.org/0000-0002-7896-2379
Также по теме
